Pháp Loa mất năm 1330. Theo bia tháp Viên Thông trên núi Thanh Mai, nơi chôn thi hài ơng thì ơng có hơn 30 đệ tử. Có nhiều đệ tử gần gũi nh-: Huyền Quang, Cảnh Ngung, Cảnh Huy, Huệ Nhiên, Huệ Chúc, Hải ấn... Huyền Quang đ-ợc Pháp Loa tin cậy, truyền cho pháp y, trở thành đệ tam tổ phái khi ông đã 77 tuổi (năm 1330).
Huyền Quang (1254 - 1334) tên thật là Lý Tái Đạo, quê ở Bắc Giang hạ. Ông từng thi đỗ, làm quan tại triều đình. Năm 1350, khi 51 tuổi, ơng xuất gia. Sau một thời gian tu hành, ông đi theo Nhân Tông, giúp Nhân Tông soạn một số sách nh-: Ch- phẩm kinh, Công văn tập, Thích khoa giáo. Khi Nhân Tơng mất, Huyền Quang đi theo Pháp Loa rồi ơng trụ trì ở chùa Vân Yên trên núi Yên Tử.
Sau khi nhận nhiệm vụ là tổ thứ ba của phái Trúc Lâm, Huyền Quang trở về Cơn Sơn, sống nh- một ẩn tăng. Ơng khơng tích cực xây dựng giáo hội nh- Pháp Loa. Ông tâm sự:
Đức bạc th-ờng tâm kế tổ đăng Không giao Hàn, Thập khởi oan tăng Tranh nh- trục bạn quy sơn khứ Điệp chúng sơn trung vạn vạn tầng
Dịch:
Đức mỏng thẹn mình nối tổ tơng Để cho Hàn, Thập mắc oan chăng Chi bằng theo bạn về non quách Núi biếc bao quanh mấy vạn tầng
[55; 263-264] Có thể Tam tổ lúc đó đã quá già rồi nên ông thể hăng hái nh- những ng-ời trẻ tuổi. Hơn nữa Phật giáo thời Pháp Loa quá thịnh, kèm theo nó là những lộn xộn, ơ tạp, mê tín dị đoan... cũng thịnh hành. Huyền Quang có cịn đủ thời gian để cứu vớt nó chăng? Nếu Huyền Quang hăng hái xây dựng giáo hội, gọt bớt những vẩn đục của Phật giáo lúc ấy thì liệu tình trạng Phật giáo có tránh đ-ợc sự suy thối khơng? Thịnh hay suy của tơn giáo không chỉ là vấn đề của riêng tơn giáo, mà nó liên quan chặt chẽ đến chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội, đặc biệt là chính trị. Lúc đó, q tộc họ Trần, tầng lớp ủng hộ mạnh mẽ Phật giáo, đã mất dần uy lực chính trị và kinh tế. Chế độ sở hữu ruộng đất điền trang thái ấp bắt đầu tan rã. Nho học dần dần chiếm vị trí quan trọng trong xã hội, nhất là trong bộ máy nhà n-ớc. Một số nho sĩ nh- Tr-ơng Hán Siêu, Lê Quát lớn tiếng cơng kích Phật giáo. Có lẽ vì thế mà Huyền Quang đành về sống ẩn ở Côn Sơn?
Năm 1315, Huyền Quang giảng kinh Lăng nghiêm ở chùa Báo Ân. Ơng có nhiều tác phẩm song đều đã thất truyền, chỉ còn lại 24 bài thơ và bài phú chữ Nôm.
Trong các bài thơ, phú của Huyền Quang, tính thi sĩ đậm chất hơn là đại sĩ. T- t-ởng của ông cũng vô vi, tiêu dao nh- Tuệ Trung. T- t-ởng Phật giáo của Huyền Quang có lẽ bộc lộ rõ nhất trong 4 câu thơ cuối của bài thơ Diên Hựu tự:
Vạn duyên bất nhiễu thành già tục Bán điểm vô -u nhãn phóng khoan Tham thấu thị phi bình đẳng t-ớng Ma cung Phật quốc hảo sinh quan
Nghĩa là:
Nếu nh- không v-ơng vấn vạn duyên, t-ờng chùa ngăn cách cõi tục. Không cịn một chút -u phiền thì mới có thể góp tầm mắt nhìn ra xa. Khi đã hiểu đ-ợc thị phi (phải trái) đều nh- nhau thì cung ma hay nứơc Phật cũng tốt nh- nhau [21; 636-637].
Huyền Quang đã diễn đạt t- t-ởng “bất nhị” (thị, phi), cái nhìn "bình đẳng", hay cái nhìn "vong nhị kiến" mà chúng ta đã thấy ở Thái Tông và Tuệ Trung. Huyền Quang có sự thẳng thắn hơn là nêu lên sự đối lập giữa cung ma và Phật quốc.
Trong bài Vịnh Vân Yên tự phú, Huyền Quang ca tụng phong cảnh Yên Tử đẹp hùng vĩ, mơ màng, ngây ngất bao trùm là khơng gian của Phật giáo: có vua Bụt (Trần Nhân Tông) ngồi thiền định, có v-ợn bồng con kề của nghe kinh, có tiểu tu (Huyền Quang)... ở đây, Huyền Quang xuất hiện nh- một ẩn sĩ nho gia, một phật tử thoát tục hơn là một đạo sĩ tiêu dao. Tâm t- Huyền Quang trong bài phú rất thanh thản, an vui, nhà nhã, không vội vàng nh- Nhân Tông, không bất mãn nh- Tuệ Trung. Nét Nho học trong Phật giáo của Huyền Quang đậm nét hơn là Đạo học.