Hệ thống tổ chức KH&CN chưa được liên kết đủ mức để có thể phối hợp tổng lực trong thực hiện các mục tiêu phát triển KT-XH. Thiếu một cơ chế liên kết nghiên cứu khoa học và giảng dạy nên vẫn cịn lãng phí chất xám nhất là đối với các viện, trường của Trung ương trên địa bàn Tỉnh. Hàng rào hành chính đã khơng tạo điều kiện cho việc huy động tổng hợp sức mạnh này.
Hầu hết các đơn vị KH&CN được tổ chức độc lập, trực thuộc các cơ quan nhà nước về sự nghiệp và hành chính, hoạt động độc lập theo chức năng quy định. Cần có những quy định cụ thể để thực hiện sự phối hợp, liên kết giữa các đơn vị hoạt động KH&CN trong nghiên cứu và đào tạo, gắn với việc giải quyết các nhu cầu thực tiễn của sản xuất, với các doanh nghiệp; gắn kết chặt chẽ các hoạt động KH&CN của địa phương với việc tiếp thu có hiệu quả các nguồn lực KH&CN từ bên ngoài.
Cơ sở vật chất, đặc biệt là trang thiết bị kỹ thuật cho nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong hệ thống các tổ chức KH&CN của địa phương nhìn chung cịn nghèo nàn cả về số lượng lẫn chất lượng. Phương tiện, thiết bị phục vụ nghiên cứu, thí nghiệm hiện không đồng bộ, thế hệ cũ lạc hậu, không đáp ứng với yêu cầu hiện nay; đến nay vẫn chưa có được những phịng thí nghiệm trọng điểm, phịng kiểm định, kiểm nghiệm tầm cỡ vùng hoặc quốc gia. Đội ngũ cán bộ KH&CN của địa phương tuy đông về số lượng nhưng chất lượng chưa cao xét theo khía cạnh cơ cấu hệ đào tạo (chính quy và khơng chính quy), ngành nghề đào tạo, loại hình đào tạo, vấn đề bố trí sử dụng. Cần hết sức chú ý xem xét về quy mô, chất lượng đào tạo hệ không chính quy về các lĩnh vực quản lý kinh tế, tài chính, pháp luật; tăng cường đào tạo về các lĩnh vực KHKT, KH&CN. Hiện đội ngũ nay đang mất cân đối về số lượng, cơ cấu ngành nghề, về bố trí sử dụng. Số lượng cán bộ có học vị từ thạc sĩ trở lên rất ít trong các ngành kỹ thuật cơng nghệ. Thiếu cán bộ KH&CN có chuyên môn cao, các nhà công nghệ giỏi, các chuyên gia trong các ngành công nghệ cao. Thiếu đội ngũ công nhân lành nghề, đội ngũ kỹ thuật viên giỏi. Vì vậy, đi đơi với vấn đề đào tạo, bố trí sử dụng đúng người, đúng việc cần có cơ chế, chính sách mạnh để thu hút nhanh cán bộ khoa học và chuyên gia công nghệ giỏi, kỹ sư các ngành công nghệ cao về tỉnh làm việc. Vấn đề xây dựng tiềm lực để bảo đảm năng lực tiếp thu và phổ cập công nghệ đang là thách thức lớn nhất đối với tỉnh.
Kinh phí sự nghiệp đầu tư cho KH&CN hiện nay chủ yếu vẫn lấy từ nguồn ngân sách nhà nước. Đầu tư từ các nguồn khác và từ khu vực doanh
nghiệp còn hạn chế. Nhà nước đã có nhiều cố gắng, nhưng mức đầu tư vẫn còn thấp (hàng năm chưa quá 1% tổng chi ngân sách địa phương). Cần có giải pháp, cơ chế huy động nhiều nguồn đầu tư đi đôi với việc đảm bảo tăng nhanh tỷ lệ ngân sách cho KH&CN và đổi mới cơ chế quản lý tài chính cho KH&CN.
Trình độ cơng nghệ của sản xuất thấp, trang thiết bị của phần lớn các doanh nghiệp địa phương đều trong tình trạng lạc hậu, thiếu thông tin công nghệ, thông tin thị trường, thiếu vốn, năng lực nội sinh và khả năng đổi mới cơng nghệ thấp. Trình độ và sức cạnh tranh của sản phẩm nhìn chung cịn thấp. Về cơng tác quản lý cơng nghệ, thực hiện các quy định về thẩm định, hợp đồng chuyển giao công nghệ trên địa bàn tỉnh còn nhiều bất cập, hiện tượng đầu tư công nghệ, thiết bị cũ, khơng tiên tiến cịn phổ biến, hiệu lực quản lý Nhà nước về lĩnh vực này còn yếu.
Hoạt động nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học và công nghệ ở địa phương nhìn chung chưa trở thành động lực cho sự phát triển. Các nghiên cứu, ứng dụng khoa học cơng nghệ mang tính chiến lược, đột phá, thực sự tạo ra sản phẩm cạnh tranh trong các lĩnh vực sản xuất và đời sống chưa nhiều. Việc xác định, lựa chọn nhiệm vụ KH&CN vẫn còn dàn trải, thiếu đồng bộ, thiếu các nghiên cứu về cơ chế, chính sách, về thị trường tiêu thụ sản phẩm, chưa gắn bó chặt chẽ với các chương trình kinh tế tổng thể, chương trình trọng điểm của tỉnh, thiếu biện pháp đưa nhanh các kết quả nghiên cứu vào sản xuất đời sống...