Đề nghị nhà vua chỉnh đốn việc triều chính, tác phong, lề lối làm việc:
Có thể nói, Phạm Phú Thứ là một trong không nhiều nhà canh tân sớm nhìn ra những bất cập trong bộ máy quản lý đƣơng thời. Ngay từ năm 1850, ông đã không đồng tình với sự “nhiêu khê, rƣờm rà”, lãng phí của ngƣời đứng đầu triều đình Huế. Nhận thấy vua Tự Đức ít ra ngự ở nhà Kinh diên, Phạm Phú Thứ đã dâng sớ phê phán vua lơi lỏng việc triều chính. Tuy nhiên, thiện chí của Phạm Phú Thứ không những không đƣợc Tự Đức ghi nhận, trái lại, ông còn bị cách chức và kết án khổ sai (bị đày làm Thừa nông dịch ở trạm Thừa nông - thực chất là phải cắt cỏ, chăn ngựa). Một năm sau, nhờ sự can thiệp của Hoàng Thái hậu Từ Dũ, ông mới đƣợc phục hồi chức Hàn lâm viện.
Khuyến khích nhân dân phát triển nông nghiệp
Khi đƣợc bổ nhiệm làm Tri phủ Tƣ Nghĩa, Phạm Phú Thứ đã ra sức khuyến khích nông dân phát triển nông nghiệp (khai hoang, phát triển thủy lợi, lập các kho nghĩa thƣơng - 50 kho - để đối phó với nạn đói…). Quan điểm khuyến khích nông nghiệp còn biểu hiện ở hàng loạt hành động của Phạm Phú Thứ sau này nhƣ: dâng sớ xin đắp đê Cu Nhí (huyện Điện Bàn - Quảng Nam), đào sông Ái Nghĩa (huyện Đại Lộc).
Năm 1873, đê Văn Giang, đê sông Đuống, đê sông Thái Bình bị vỡ. Cả tỉnh Hải Dƣơng chìm trong biển nƣớc. Phạm Phú Thứ đã khẩn cấp tổ chức việc phát chẩn cứu đói dân bị nạn lụt bằng cách lệnh cho quan tỉnh Hƣng Yên
xuất 50 vạn phƣơng thóc, đồng thời tổ chức dân khai hoang, trồng cây ngắn ngày, khôi phục các công trình thủy lợi.
Đề xuất chủ trương chủ động đối phó với Pháp
Năm 1858, trƣớc sự kiện liên quân Pháp - Tây Ban Nha đổ bộ lên cửa biển Đà Nẵng, Phạm Phú Thứ đã dâng thỉnh nguyện lên triều đình, đề xuất cho phép các quan lại gốc Quảng Nam đƣợc trở về quê nhà chiêu tập quân sĩ kháng Pháp. Đề xuất này bị bác nhƣng ông vẫn không nản chí. Một năm sau, trƣớc nguy cơ Pháp tái chiếm Đà Nẵng, ông đã đề nghị quan lại Quảng Nam chủ động xây dựng đồn lũy, tuần tra, canh gác các địa điểm hiểm yếu và cho dân tích cực tập luyện để tăng cƣờng khả năng chiến đấu. Mặc dù đây chỉ là những đề xuất nhỏ, thực thi trong phạm vi hẹp song có thể thấy sự nhất quán về tƣ tƣởng của Phạm Phú Thứ trong sách lƣợc ứng phó với quân xâm lƣợc: ngay từ những ngày đầu, ông đã là ngƣời theo phái chủ chiến. Tuy nhiên, đƣờng lối chủ chiến của ông không cứng nhắc mà có sự phát triển liên tục qua từng giai đoạn, trong đó, yêu cầu bức thiết là phải phát triển nội lực quốc gia. Năm 1867, ông dâng sớ trình bày những mục tiêu cần thực hiện để duy tân, tự cƣờng, gồm ba giai đoạn:
- Giai đoạn 1: hòa hoãn với Pháp để tranh thủ thời gian phát triển quân đội và thƣơng mại.
- Giai đoạn 2: khi kinh tế phát triển, triều đình sẽ thƣơng lƣợng bằng biện pháp bồi thƣờng kinh tế để thực dân phƣơng Tây rút quân.
- Giai đoạn 3: khi tiềm lực kinh tế nƣớc nhà đủ mạnh mà Pháp vẫn giữ thái độ xâm lƣợc thì “thề quyết chẳng đội trời chung”.
Cũng liên quan đến quân sự nƣớc nhà, năm 1878, nhân sự kiện vua Tự Đức phái Tôn Thất Hòe đem 500 quân đánh dẹp nạn thổ phỉ Lý Dƣơng Tài ở hai tỉnh Lạng Sơn, Bắc Ninh, sợ rằng quân lính “ở lâu chi phí rộng mà nhàn hạ dễ sinh trễ nải”, Phạm Phú Thứ đã đề nghị cho quân lính vừa tiến hành tiễu trừ thổ phỉ, vừa khai khẩn ruộng đất bỏ hoang.
Nhìn chung, trong sách lƣợc đối phó với Pháp, tƣ tƣởng của Phạm Phú Thứ trƣớc sau nhƣ một: theo lối “chủ chiến”, nhƣng trƣớc khi “chiến” thì phải “hòa” để vực dậy nền kinh tế, quốc phòng đất nƣớc.
Cải cách hành chính, giáo dục, xã hội
Năm 1865, sau khi đƣợc thăng làm Thự Hộ bộ Thượng thư sung Cơ mật viện đại thần, Phạm Phú Thứ đã xin đặt 4 Tuyên phủ sứ ở các vùng giáp ranh Quảng Trị, Bình Định, Nghệ An và Hƣng Hóa, cụ thể nhƣ sau: 9 châu Cam Lộ đối với Quảng Trị, An Tây (phía tây Bình Định), Trấn Tây ở Nghệ An và phủ Điện Biên ở Hƣng Hóa. Cùng với đề xuất thành lập các Tuyên phủ sứ này, ông còn kiến nghị xây thành, lập chợ, sửa đổi thuế thƣơng chính, thi hành biện pháp “thổ tù đời đời đƣợc tiếp tập” để “cha con, anh em họ cùng nhau ngăn giữ”… nhƣngviệc không thành [39, 758].
Phạm Phú Thứ cũng là ngƣời khôi phục nhà xuất bản Hải học đường
(có từ thời Gia Long) tại tỉnh lỵ Hải Dƣơng. Hải học đường đã xuất bản bốn cuốn sách phƣơng Tây (đƣợc dịch ra Hán ngữ) là Bác vật tây liên (Khoa học tự nhiên), Khai môi yếu pháp (Phƣơng pháp khai mỏ), Hàng hải kim châm
(Kỹ thuật đi biển) và Vạn quốc công pháp (Công pháp các nƣớc). Cũng trong thời gian này, với cƣơng vị Tổng đốc Hải Yên (1874 - 1880), tháng tƣ năm1878, Phạm Phú Thứ đã mở trƣờng dạy chữ Tây cho nha Thƣơng chính trong địa bàn. Để khuyến khích việc học chữ Tây, Phạm Phú Thứ đã cấp cho những ngƣời đi học mỗi tháng cấp một quan tiền và một phƣơng gạo.
Tiếp thu khoa học, kỹ thuật phương Tây
Sớm nhìn ra những bất cập của triều đình trung ƣơng nhƣng phải đến khi công cán Quảng Đông (năm 1851), Phạm Phú Thứ mới có sự thay đổi về suy nghĩ. Chứng kiến sự phát triển vƣợt bậc về kinh tế, xã hội của Quảng Đông, Ma Cao hoàn toàn đối lập với sự chậm chạp, lặng lẽ của nƣớc nhà, ông nhận ra rằng phải xóa bỏ các quan điểm cũ của triều đình, tiếp thu khoa học kỹ thuật phƣơng Tây mới có thể vực dậy nền kinh tế đất nƣớc. Dẫu vậy, phải đến năm 1855, khi đƣợc cử làm Án sát Thanh Hóa, Phạm Phú Thứ mới hiện
thực hóa đƣợc chủ trƣơng này qua việc kiến nghị triều đình cho tổ chức đóng tầu, chế tạo thuyền vận tải. Phạm Phú Thứ đã trực tiếp chỉ đạo và đóng thành công chiếc tàu bọc đồng mang tên Thụy Nhạc.
Chủ trƣơng này càng đƣợc củng cố hơn nữa vào năm 1863, khi Phạm Phú Thứ đƣợc cử sang Pháp và Tây Ban Nha xin chuộc lại 3 tỉnh miền Đông. Dẫu không hoàn thành đƣợc công việc thì ông đã tận dụng cơ hội này để trực tiếp học hỏi, tiếp thu khoa học, kỹ thuật của các nƣớc châu Âu. Chỉ trong vòng nửa năm (từ tháng 9 năm 1863 đến tháng 3 năm 1864), Phạm Phú Thứ đã công du qua rất nhiều quốc gia: Ai Cập, Italia, Pháp, Tây Ban Nha… và ghi chép lại những thành tựu “mắt thấy, tai nghe”. Đặc biệt, Phạm Phú Thứ rất quan tâm đến công nghệ. Ông trực tiếp tham quan hàng chục nhà máy của nƣớc ngoài, từ công nghiệp nhẹ (sản xuất giấy) đến công nghiệp nặng (máy bơm nƣớc, chế tạo ô tô, tàu thủy, tàu hỏa, sản xuất súng đạn, chế tạo kim loại…). Nhờ thái độ cầu thị, chịu khó học hỏi mà khi về nƣớc, ông đã thuyết phục đƣợc triều đình ban hành cách thức sản xuất và hoàn thiện 27 chiếc “xe trâu” (công nghệ mà Phạm Phú Thứ tiếp thu ở Ai Cập) có năng suất cao hơn rất nhiều lần so với sử dụng gầu tát nƣớc đƣơng thời.
Những điều Phạm Phú Thứ học tập khoa học kỹ thuật từ phƣơng Tây đã đƣợc ông ghi chép và in thành tập sách chữ Hán Tây hành nhật ký (dày 330 trang) và tập thơ Tây phù thi thảo. Cả 2 cuốn đều đƣợc dâng lên vua Tự Đức, đƣợc ngƣời đứng đầu triều đình Huế khen ngợi bằng hai câu thơ: Lịch thiệp dĩ thân nam tử chí. Mẫu thời vị tất phó không chương (ý nói ông là ngƣời chuyên lo lắng cho đời, không ngồi yên phút nào).