Và đA Dạng Sinh họC
VQG Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn có một phần diện tích nằm trên Công viên địa chất toàn cầu Cao nguyên đá Đồng Văn với diện tích 14.068 ha, chiếm 93,7% diện tích tự nhiên. Theo hệ thống phân loại thảm thực vật Việt Nam, VQG Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn có 5 kiểu thảm thực vật rừng chính: Rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi thấp phát triển trên núi độ cao dưới 700 m; Rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi trung bình phân bố ở độ cao trên 700 m; Rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới trên núi đá vôi; Kiểu thảm thực vật thứ sinh nhân tác gồm có rừng thứ sinh phục hồi sau khai thác và phục hồi sau nương rẫy; một số kiểu phụ như rừng tre nứa, rừng trồng (thông, keo) và các thảm
tươi, cây bụi, cây gỗ…
Hệ thực vật VQG có 1.061 loài thực vật bậc cao có mạch, thuộc 619 chi, 202 họ của 6 ngành thực vật. Như vậy, trong tổng số 7 ngành thực vật được xác định phân bố ở Việt Nam, thì VQG Du Già - Cao nguyên đá Đồng Văn đã ghi nhận được 6 ngành, chiếm 85,71% về số ngành. Ngành đa dạng nhất thuộc về ngành mộc lan với 950 loài (chiếm 89,54%), kế tiếp ngành dương xỉ có 88 loài (chiếm 8,29%), ngành thông có 12 loài (chiếm 1,13%), ngành thông đất có 9 loài (chiếm 0,85%), còn lại lần lượt thuộc về ngành khuyết
lá thông và cỏ tháp bút, mỗi ngành có 1 loài. Bên cạnh đó, tính đa dạng còn thể hiện ở số họ thực vật, đã xác định được 202 họ, chiếm 53,44% tổng số họ trong hệ thực vật Việt Nam, trong đó có 29 họ giàu có nhất về thành phần loài (chiếm 56,08%) như họ lan với 65 loài (chiếm 6,13%); tiếp theo họ ba mảnh vỏ với 46 loài, (chiếm 4,34%); họ cà phê với 45 loài (chiếm 4,24%); họ dâu tằm với 39 loài (chiếm 3,68%); họ cúc với 33 loài (chiếm 3,11%); họ long não với 26 loài (chiếm 2,45%); họ đậu và họ cỏ cùng 25 loài (chiếm 2,36%); họ ráy với 22 loài (chiếm 2,07%); họ cam với 17 loài (chiếm 1,6%) và tiếp theo lần lượt thuộc về 19 họ còn lại.
Khu hệ động vật có xương sống trên cạn ở VQG đã thống kê được 318 loài thuộc 77 họ, 24 bộ. Trong đó, khu hệ thú ghi nhận 72 loài thuộc 22 họ, 8 bộ; khu hệ chim có 162 loài chim thuộc 37 họ, 12 bộ; khu hệ ếch nhái, bò sát ghi nhận 84 loài thuộc 18 họ, 4 bộ. Trong số 318 loài động vật có 35 loài quý hiếm, đặc biệt loài voọc mũi hếch là một trong 25 loài linh trưởng đang bị đe dọa tuyệt chủng cao nhất trên thế giới hiện nay. Chúng được xếp vào mức đe dọa "rất nguy cấp - CR" cả trong Sách
đỏ Việt Nam (2007) và Danh lục đỏ IUCN (2015). Voọc mũi hếch là loài đặc hữu hẹp, chỉ phân bố ở một số tỉnh thuộc Đông Bắc Việt Nam. Hiện tại, quần thể voọc mũi hếch có khoảng 108 - 113 cá thể, chiếm gần 50% tổng số cá thể voọc mũi hếch hiện nay ở Việt Nam.
Ngoài ra, trong số các loài bò sát và ếch nhái ghi nhận có 13 loài quý hiếm (chiếm 15% tổng số loài ghi nhận được) bao gồm: 12 loài bị đe dọa cấp quốc gia, ghi trong Sách đỏ Việt Nam (2007); 5 loài ở bậc VU - sẽ nguy cấp (rồng đất, tắc kè, rắn sọc dưa, rùa núi viền, ba ba gai), 7 loài ở bậc EN - nguy cấp (rắn ráo thường, rắn cạp nong, rắn hổ mang Trung Quốc, rùa đầu to, ếch vạch, ếch gai và ếch cây sần Bắc bộ).