MSB áp dụng tất cả các phương pháp kiểm soát rủi ro tín dụng nói chung và kiểm soát rủi ro trong tài trợ chuỗi cung ứng nói riêng. Các biện pháp kiểm soát rủi ro đó bao gồm: né tránh rủi ro, phân tán rủi ro, chuyển giao rủi ro, chấp nhận rủi ro và xử lý rủi ro.
Việc chú trọng công tác nhận diện rủi ro và đo lường rủi ro chính là phương thức hiệu quả nhất để né tránh rủi ro. MSB thực hiện đa dạng hóa danh mục sản phẩm, tài trợ đa dạng các đối tượng khách hàng, đa dạng hóa lĩnh vực tài trợ và danh mục tài sản bảo đảm để phân tán các rủi ro có thể xảy ra. Các hoạt động tài trợ chuỗi cung ứng đã triển khai ở nhiều ngành nghề lĩnh vực như: ngành điện, viễn thông, du lịch, vận chuyển, thương mại, nông nghiệp,…
Đặc biệt với các khoản cấp vốn không có tài sản bảo đảm, MSB yêu cầu có cam kết bảo lãnh của Doanh nghiệp cốt lõi đối với các khoản vay này.
MSB cũng yêu cầu phải mua bảo hiểm đối với các tài sản có mức độ rủi ro cao như phương tiện vận tải, nhà xưởng kho bãi. Thời gian bảo hiểm phải bao gồm toàn bộ thời gian cấp tín dụng và MSB là đối tượng được thụ hưởng bảo hiểm khi phát sinh các tổn thất.
Đối với những khoản cấp tín dụng có vấn đề như xảy ra tình trạng chậm trả nợ, nhảy nhóm nợ: MSB yêu cầu khách hàng bổ sung thêm tài sản bảo đảm, gia hạn thời gian trả nợ cho khách hàng, ân hạn thời gian trả nợ.
Việc trích lập dự phòng và xử lý nợ xấu (nếu có) tại MSB được áp dụng cho tất cả các khoản tín dụng nói chung và các khoản tài trợ cấp vốn cho khách hàng trong chuỗi cung ứng nói riêng. Các khoản tài trợ cấp vốn cho khách hàng trong chuỗi cung ứng đều được trích lập và sử dụng quỹ dự phòng rủi ro theo đúng quy định của Ngân hàng Nhà Nước. MSB sẽ xử lý bằng nguồn dự phòng đối với các khoản nợ thuộc nhóm 5 hoặc khi khách hàng vay tuyên bố phá sản hoặc giải thể (đối với khách hàng doanh nghiệp) hoặc khi khách hàng vay chết, mất tích (đối với trường hợp khách hàng cá nhân).