Chỉ đạo điều hành là vấn đề có nghĩa tiên quyết đến hoạt động của một đơn vị KBNN, chỉ đạo điều hành phải nhằm mục đích để hoàn thành nhiệm vụ được giao. Trước hết, lãnh đạo KBNN Cần Thơ thực hiện chỉ đạo điều hành phải bảo đảm hoạt động tuân thủ các chế độ và quy trình nghiệp vụ. Muốn vậy, người lãnh đạo phải am hiểu và thông thạo nghiệp vụ ở mức cần thiết để giải quyết hoặc phản ảnh đề xuất cấp trên giải quyết. Muốn hoạt động nghiệp vụ tốt cần sắp xếp hợp lý cán bộ, thường xuyên đào tạo bồi dưỡng cán bộ, tăng cường kiểm tra và tự kiểm tra, đề cao trách nghiệm cá nhân, tạo điều kiện cho cán bộ phát huy tối đa năng lực của mình.
Một vấn đề quan trọng đối với người lãnh đạo là tổ chức tốt công tác sơ kết, tổng kết theo định kỳ và theo chuyên đề, cung cấp thông tin hoạt động cho các ngành các cấp và cơ quan kế hoạch, tài chính để xử lý điều hành. Mặt khác, gắn với việc phát động và tổ chức tốt phong trào thi đua, động viên mọi nguồn lực để giáo dục và rèn luyện đội ngũ cán bộ công chức một cách toàn diện trước những yêu cầu nhiệm vụ mới, xây dựng mối quan hệ đoàn kết, nhất trí, yêu ngành, yêu nghề trong từng cán bộ công chức; xây dựng phong trào thi đua gắn chất lượng chuyên môn với công tác đoàn thể và giáo dục chính trị tư tưởng; tổ chức thi nghiệp vụ hàng năm sau mỗi kỳ tập huấn; tổ chức viết báo cáo sáng kiến kinh
nghiệm và báo cáo chuyên đề công tác hàng năm; tổ chức kiểm tra hướng dẫn và ngăn ngừa các sai phạm.
Mặt khác tiếp tục kiến nghị những vấn đề vượt quá thẩm quyền như cơ chế chính sách, biên chế, bộ máy, phụ cấp, cơ cấu cán bộ…nhằm cải cách hành chính không quá rập khuôn cứng nhắc mà uyển chuyển, phù hợp thực tế và có hiệu quả cao.