Hệ thống NHNN ra đời năm 1951, thực hiện nhiệm vụ quản lý quỹ NSNN và các quỹ tiền tệ tập trung đã góp phần tích cực vào công cuộc đấu tranh giành độc lập dân tộc, xây dựng và phát triển kinh tế đất nước.
Qua một thời gian dài thực hiện nhiệm vụ, nhất là sau khi đất nước thực hiện đổi mới kinh tế trên lĩnh vực tài chính tín dụng, Ngân hàng chuyển sang hạch toán kinh tế kinh doanh XHCN thì công tác quản lý NSNN nằm trong hệ thống Ngân hàng không còn phù hợp. Vì vậy, ngày 04 tháng 01 năm 1990 Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ra quyết định số 07/HĐBT về việc thành lập hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính thực hiện nhiệm vụ quản lý quỹ NSNN từ NHNN chuyển sang.
Trong bối cảnh chung đó, KBNN Cần Thơ đã ra đời và đi vào hoạt động từ năm 1990 đến nay và chịu sự chỉ đạo về nghiệp vụ chuyên môn của Bộ Tài chính, KBNN Trung ương và UBND Tỉnh về việc chấp hành các chủ trương chính sách.
Gần 20 năm ổn định và phát triển, KBNN Cần Thơ đã đạt đựơc nhiều thành tích đáng khích lệ, đánh dấu sự trưởng thành và từng bước lớn mạnh của một đơn vị KBNN vùng đồng bằng sông Cửu Long. Tập thể cán bộ, công nhân viên KBNN Cần Thơ không ngừng rèn luyện phấn đấu để vươn lên hoàn thiện trình độ chuyên môn nghiệp vụ và cả hoạt động văn nghệ ngoại khoá. Trong đó, việc thành thạo về chuyên môn nghiệp vụ là cả một quá trình phấn đấu liên tục của một tập thể cán bộ, công chức với tinh thần tương thân, tương ái quyết tâm hoàn thành tốt nhiệm vụ Đảng và Nhà nước giao cho.
Bằng hoạt động thực tiễn của mình, KBNN Cần Thơ đã rút ra nhiều kinh nghiệm quý báu trong việc điều hành đơn vị, tiến lên một cách vững chắc, tạo tiền đề phát triển mạnh mẽ trong những năm tiếp theo.