Thứ nhất, về động lực tự chủ. Các nghị định của Nhà nước quy định cơ chế tự chủ của các tổ chức KH&CN đều xác định mức độ tự chủ từ góc độ tài chính, tức là các đơn vị càng tự chủ về tài chính được bao nhiêu thì quyền tự chủ được bấy nhiêu; các hoạt động có thu của đơn vị phải đủ trang trải các kinh phí và phải có lãi. Như đã phân tích ở trên, các VNC thuộc Tổng cục CNQP đều là các đơn vị dự toán, một phần
hoặc toàn bộ kinh phí cho hoạt động thường xuyên của đơn vị đều được NSNN đảo bảo, các hoạt động có thu hiện nay không mang lại nhiều lợi nhuận. Vì vậy nếu triển khai chuyển đổi sang cơ chế tự chủ tài chính thì việc đảm bảo hoạt động của các đơn vị này là rất khó khăn.
Thứ hai, về đặc điểm hoạt động KH&CN. Các tổ chức KH&CN trong quân đội với đặc thù hoạt động KH&CN quân sự, mục đích phát triển KH&CN quân đội nhằm xây dựng và bảo vệ đất nước. Các hoạt động chủ yếu của các VNC trong Tổng cục CNQP là hoạt động NCKH trong lĩnh vực quân sự, một loại hoạt động không tạo ra nhiều lợi nhuận mà kinh phí đầu tư lại rất lớn. Vậy nên nếu triển khai chuyển đổi hoạt động tự chủ tài chính, theo đuổi lợi nhuận thì chắc chắn các VNC này không thể thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ và BQP đã quy định trong quyết định thành lập, và sẽ không đáp ứng được mục đích của BQP đặt ra, đồng nghĩa với việc sự tồn tại của các VNC này không có ý nghĩa.
Thứ ba, về sản phẩm và thị trường. Một trong những yếu tố quan trọng quyết định tới nguồn thu của các đơn vị chính là sản phẩm và thị trường. Vì đặc điểm hoạt động trong lĩnh vực KH&CN quân sự nên việc tìm kiếm sản phẩm cũng như đầu ra cho sản phẩm là vấn đề nan giải đối với các VNC trong Tổng cục CNQP. Các đơn vị chỉ được sản xuất các sản phẩm theo chức năng, nhiệm vụ được giao, vì vậy có rất ít sản phẩm có khả năng thương mại hóa.