Khi phản ứng xảy ra ở thang thời gian lớn hơn nhiều so với khoảng thời gian ngắn mà các phân tử nằm trong thể tích đo đạc, có thể dùng phương pháp FCS để khảo sát. Các phản ứng như vậy có thể được theo dõi bằng cách đo FCS liên tục [89] (hình 1.12). Các đường tương quan liên tiếp được khảo sát với thời gian ngắn nhất có thể. Từ các đường này, tìm hiểu sự thay đối của các thông số như thời gian khuếch tán, độ sáng phân tử hoặc nồng độ. Một hệ phản ứng lý tưởng gồm một phân tử nhỏ, được đánh dấu và một phân tử không phát quang. Đơn giản nhất là trường hợp chỉ có một loại chất phát huỳnh quang (hoàn toàn tự do hoặc liên kết 100%) tồn tại ở thời điểm bắt đầu và kết thúc của quá trình kết hợp.
Nguyên lý này được sử dụng để theo dõi động học liên kết của các đầu dò DNA phát quang với một DNA đích [104], động học quá trình lai hóa của các đầu dò DNA có các vị trí liên kết khác nhau [105], nghiên cứu nhiều hệ phối tử-chất nhận (ligand-receptor) [106-108].
Hình 1.12. Sự thay đổi thời gian khuếch tán của một phối tử nhỏ khi liên kết với một protein nặng hơn [89].
Phương pháp FCS phù hợp để nghiên cứu các quá trình tương tác của các phân tử hoặc hạt nano trong tế bào với yêu cầu quan sát trong thể tích rất nhỏ. Sự linh động của phân tử thay đổi mạnh khi có liên kết với màng tế bào. Khi một phân tử liên kết với màng hoặc với các protein màng có vai trò các chất nhận, phương pháp FCS cho thấy cả kiểu khuếch tán (hai chiều thay cho ba chiều) và thang thời gian đặc trưng đều thay đổi [109, 110].