Hệ đo được căn chỉnh để đảm bảo chùm laze kích thích hội tụ trong một thể tích tối ưu cho đo đạc FCS (thể tích nhỏ, phân bố cường độ kích thích dạng hàm Gauss), đồng thời thu được tín hiệu huỳnh quang lớn nhất có thể. Do tín hiệu thu được từ các đơn hạt/đơn phân tử là các tín hiệu có cường độ rất thấp nên căn chỉnh hệ là bước đòi hỏi nhiều thời gian và kinh nghiệm. Căn chỉnh hệ được thực hiện như sau:
Trước hết, tiến hành chỉnh vị trí của các thành phần trong bộ lọc không gian sao cho sao cho chùm tia laze qua thấu kính thứ nhất hội tụ đúng vào pinhole 20 μm, vị trí của thấu kính thứ hai cách pinhole đúng bằng tiêu cự của thấu kính. Chùm laze ra khỏi bộ lọc không gian là chùm song song.
Chỉnh các gương quang học để chùm tia laze đi song song với mặt bàn và hợp với gương lưỡng chiết một góc 45o.
Vật kính hiển vi được đặt vuông góc với mẫu bằng cách chỉnh giá đỡ vật kính. Chỉnh vị trí của gương phản xạ cao để phương truyền của chùm tia laze trùng với trục của vật kính hiển vi.
Lắp đặt thấu kính hội tụ, pinhole 50 m trong các ống giữ của phần thu tín hiệu. Lắp đặt phin lọc để loại bỏ ánh sáng kính thích và chỉnh vị trí thấu kính hội tụ để huỳnh quang phát ra từ mẫu hội tụ đúng vào pinhole.
Sau khi lắp đặt PMT, bộ khuếch đại và kết nối máy tính, chỉnh lại vị trí của pinhole thu huỳnh quang và vật kính hiển vi sao cho cường độ huỳnh quang thu được từ mẫu đạt cực đại.