Tổng Công ty 36 tiền thân là Xí nghiệp Xây dựng Công trình 36 được thành lập vào ngày 04/4/1996. Kế tiếp đó, vào tháng 03/2006 Bộ Quốc phòng quyết định nâng cấp Xí nghiệp Xây dựng Công trình 36 trở thành Công ty TNHH MTV Đầu tư Xây lắp Thương mại 36. Đây là mô hình thí điểm Công ty TNHH MTV đầu tiên trong Quân đội, đánh dấu bước trưởng thành trong quá trình phát triển của thương hiệu 36
Bước vào thời kỳ hội nhập, để cùng phù họp với tình hình phát triển của đất nước, Quân đội cùng với sự phát triển vượt bậc và lớn mạnh không ngừng của Công ty 36, ngày 23/8/2011 Bộ trưởng Quốc phòng đã ký quyết định số 3036/QĐ-BQP về việc thành lập Tổng công ty 36 hoạt động theo hình thức Công ty mẹ-Công ty con trên cơ sở tổ chức lại Công ty TNHH MTV Đầu tư Xây lắp và Thương mại 36. Với 17 công ty trực thuộc và các phòng ban hoạt động, công ty 36.62 cũng được hình thành từ đó.
Nhiều năm liên công ty 36.62 là một trong những công ty con nằm trong top đầu các công ty có doanh thu cao trên 400 tỷ. Được giao nhiệm vụ thi công cũng như đấu thầu các dự án trọng điếm của Quân đội và Nhà nước có tầm quan trọng, bảo mật, có nhiều yếu tố phức tạp nhưng công ty 36.62 đã hoàn thành nhiệm vụ xuất sắc, các công trình đạt tiến độ thi công xây dựng và chất lượng mỹ thuật, kỹ thuật đúng theo chủ đầu tư yêu cầu cũng như hồ sơ thiết kế kỳ thuật thi công đã được duyệt.