Đầu những năm 1999-1990 của thế kỷ XX, hàng loạt HTXTD yếu kém, mất khả nàng thanh toán bị đổ vờ trên toàn quốc. Người gửi tiền tại các HTXTD này không được chi trả tiền gửi đầy đủ và đúng hạn, thậm chí mất trắng cả gốc và lãi khoản tiền gửi này. Điều đó đà khiến niềm tin của người dân vào hệ thống HTXTD nói riêng và hệ thống các TCTD nói chung sụt giảm nghiêm trọng, dẫn đến tình trạng người dân đồng loạt rút tiền gửi khiến các HTXTD và một số ngân hàng nhỏ
lâm vào tinh trạng khó khăn về thanh khoản mà nhà nước chưa có cơ chế xử lý, ngân sách nhà nước còn hạn hẹp không giải quyết được triệt đế.
Rút kinh nghiệm từ sự kiện đó, khi triển khai mô hình QTDND theo quyết định 390/QĐ-TTg ngày 27/7/1993 của Thủ tướng Chính phủ, Quy tắc báo hiểm trách nhiệm của QTDND với các khoản tiền gửi có kỳ hạn đã được ban hành. Theo đó, hoạt động BHTG công khai đã được khởi đầu bằng Quyết định 101/TCQĐ-BH ngày 1/2/1994 của Bộ Tài chính. Theo Quyết định này, Tổng công ty Bảo hiểm Việt Nam lúc đó là Bảo Việt có trách nhiệm bảo hiếm đối với các khoản tiền gửi có kỳ hạn tại các QTDND.
Tuy nhiên, hoạt động BHTG do Bảo Việt thực hiện trong giai đoạn này phát triển chậm và bộc lộ nhiều hạn chế về nhiều mặt như số lượng QTDND tham gia bảo hiểm ít chỉ có khoảng 162 quỹ (1995) chiếm 33,22% tổng số dư tiền gửi trong cả nước tại thời điểm đó. Đến năm 1997 có 370 QTDND tham gia BHTG với số tiền thuộc đối tượng được bảo hiểm là 322 tỷ VND. Đối tượng tham gia BHTG thời điểm này chi hạn chế ở QTDND, còn các tổ chức có huy động tiền gửi khác không tham gia. Bên cạnh đó hoạt động BHTG của Bảo Việt cũng không đảm bảo các yếu tố quyết định thành công đối với hoạt động BHTG như chức năng hạn chế (chỉ thực hiện việc chi trả tiền gửi khi tổ chức tham gia BHTG bị đố vờ), việc tham gia BHTG là tự nguyện...
Mặt khác, cuộc khủng hoảng tài chính, tiên tệ ở khu vực từ đâu năm 1997 cùng với tốc độ mở cửa và hội nhập trong khu vực và trên thế giới đã ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động của hệ thống tài chính - ngân hàng Việt Nam. Điều đó đặt ra yêu cầu cấp thiết phải củng cố lòng tin của công chúng vào hoạt động ngân hàng, về mặt pháp lý, Khoản 1 Điều 17, Luật các tổ chức tín dụng ban hàng năm 1997 đã quy định 44 Tổ chức tín dụng có trách nhiệm tham gia tổ chức bảo toàn tiền gửi hoặc bảo hiểm tiền gửi”. Điều đó là cơ sở quan trọng để tồ chức BHTG ra đời. Và điều đó có thể khẳng định BHTGVN ra đời là sản phẩm của nền kinh tế thị trường.
Đứng trước hiện thực đó, Chính phủ đà ban hành Quyết định số 218/1999/ỌĐ- TTg ngày 09/11/1999 thành lập tổ chức BHTG (BHTG) nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người gửi tiền, duy trì sự ổn định của hệ thống tài chính- ngân hàng và đóng góp vào việc nâng cao niềm tin của công chúng với tên gọi “BHTGVN”. Ngày 07/7/2000 BHTGVN chính thức khai trương đi vào hoạt động. Đây là tổ chức duy nhất triển khai hoạt động BHTG tại Việt Nam cho đến thời điểm hiện tại. BHTGVN là tổ chức thực hiện chính sách BHTG tại Việt Nam. Và BHTG tại Việt Nam là công cụ tài chính được Chính phủ sử dụng để thay mặt Chính phủ bảo vệ người gửi tiền và đảm bảo an toàn hệ thống tài chính, ngân hàng.