3.1. Thiết bị cần thiết
Chai vô khuẩn, đèn khò gas để khử trùng, cồn 70o để khử khuẩn, kẹp, bông gòn, bút lông và biên bản lấy mẫu để ghi thông tin mẫu nước (tất cả để trong hộp nhôm hay nhựa). Thùng đá để bảo quản mẫu ở nhiệt độ lạnh (4 - 10oC) trong trường hợp lấy mẫu xà phòng thử nghiệm.
3.2. Rửa và sấy chai lọ
Rửa sạch chai lọ bằng xà phòng, sau đó ngâm trong dung dịch Sulfocromic trong 24 giờ. Rửa súc kỹ bằng nước sạch và tráng bằng nước cất. Đậy nút chai vừa khít, bọc giấy nhôm trên đầu nút và cổ chai. Sấy tiệt trùng 180oC trong 30 phút
3.3. Lấy mẫu
Mẫu được lấy vào chai đã tiệt trùng như trên.
Lấy mẫu đúng quy cách hướng dẫn tùy theo nguồn nước khảo sát:
- Lấy nước máy: tại nhà máy xử lý nước thì mẫu được lấy ở ống vào và ống ra của nhà máy. Tại trạm khử trùng thì mẫu được lấy từ đường vào và đường ra của trạm.
- Lấy nước từ vòi: đốt miệng vòi rồi cho nước chảy bỏ 5 phút rồi mới hứng lấy.
- Lấy nước bề mặt: sông, hồ, ao suối. Lấy cách bờ 5 - 10 m, úp chai xuống sâu khoảng 30 - 40 cm, xoay ngược chiều nước chảy để tránh nhiễm bẩn từ tay.
- Lấy nước ngầm: nước giếng đào, giếng đóng. Dùng chai có chì ở đáy, miệng chai có thể rút ra bằng cách giật dây.
- Điền đầy đủ thông tin vào phiếu lấy mẫu, lưu ý các yếu tố ngoại cảnh khi lấy mẫu.
3.4. Bảo quản vận chuyển mẫu
Nhiệt độ và thời gian ảnh hưởng nhiều đến sự tăng, giảm số lượng vi khuẩn của mẫu nước. Nếu không bảo quản đúng yêu cầu sẽ đưa đến kết quả không chính xác.Thời gian từ khi lấy mẫu đến khi về phòng thử nghiệm không quá 24 giờ. Trong trường hợp lấy mẫu quá xa, yêu cầu bảo quản mẫu trong điều kiện lạnh 4 - 10oC và phân tích trong vòng 6 giờ đối với nước thô và 12 giờ đối với nước đã xử lý.