Các nghiên cứu về hiệu quả hoạt động thường dựa trên 2 lý thuyết: lý thuyết quyền lực thị trường (MP- Market Power) và lý thuyết cấu trúc hiệu quả (ES- Efficient Structure).
Lý thuyết quyền lực thị trường (MP- Market Power) có 2 cách tiếp cận là Cấu trúc - Hành vi - Hiệu quả (SCP: Structure- Conduct - Performance) và lý thuyết quyền lực thị trường tương đối (RMP - Relative Market Power). SCP do Joe S. Brain (1959) nghiên cứu và phát triển, phân tích tổng quát hóa mối quan hệ giữa cơ cấu thị trường, hành vi thị trường và hiệu quả thị trường. Lý thuyết SCP cho rằng cấu trúc thị trường quyết định hành vi của các doanh nghiệp, từ đó quyết định hiệu quả của doanh nghiệp. Như vậy, môi trường quyết định sự tồn tại và vận hành doanh nghiệp và nhiệm vụ chính của doanh nghiệp là đáp ứng và thích nghi. Như vậy, lập luận theo SCP, thị trường ngân hàng ngày càng tập trung thì lãi suất cho vay càng cao và lãi suất huy động càng thấp vì mức độ cạnh tranh bị giảm đi. Ngoài SCP, còn có mô hình RMP là lý thuyết quyền lực thị trường tương đối. Lý thuyết này cho rằng doanh nghiệp có thị phần lớn và các sản phẩm khác biệt có thể thực hiện quyền lực thị trường và kiếm lợi nhuận không cạnh tranh (Berger, 1995). Ngân hàng có ưu thế về thương hiệu, chất lượng sản phẩm và quy mô có thể tăng giá sản phẩm dịch vụ và thu được nhiều lợi nhuận.
Lý thuyết cấu trúc hiệu quả - ES cho rằng mối quan hệ giữa hiệu quả thị trường và hiệu suất của công ty được xác định bởi hiệu suất của công ty, hiệu suất của công ty sẽ tạo nên cấu trúc thị trường. Olweny và Shipho (2011) cho rằng, các ngân hàng đạt lợi nhuận cao hơn là do chúng hoạt động hiệu quả hơn. Lý thuyết ES có hai hướng tiếp cận khác nhau gồm: hướng tiếp cận theo hiệu quả và hướng tiếp cận theo quy mô. Hướng tiếp cận theo hiệu quả cho rằng các các công ty có hiệu quả hơn thường đạt lợi nhuận cao và thị phần lớn hơn, bởi vì họ có khả năng giảm thiểu chi phí sản xuất ở bất kỳ sản lượng đầu ra nào (Al-Muharrami va Mathews,
2009). Đối với hướng tiếp cận hiệu quả theo quy mô, mối quan hệ được mô tả ở trên được giải thích dựa trên quy mô. Các ngân hàng lớn hơn có chi phí sản xuất thấp hơn, nhờ đó lợi nhuận cao hơn nhờ vào tính kinh tế theo quy mô (Olweny và Shipho, 2011).
Ngoài 2 lý thuyết SCP và ES, còn có lý thuyết về danh mục đầu tư cân bằng (Balanced Porfolio Theory) được sử dụng trong nghiên cứu về hiệu quả hoạt động ngân hàng Nzongang và Atemnkeng (2006). Lý thuyết này cho rằng các nhà đầu tư có thể tối thiểu hoá rủi ro thị trường cho một mức lợi nhuận kỳ vọng thông qua việc đa dạng hoá danh mục đầu tư. Nhiều nghiên cứu đã dựa trên các lý thuyết này để giới thiệu các biến hữu ích để đưa vào mô hình đo lường hiệu quả hoạt động các ngân hàng, và phần lớn đều thừa nhận rằng hiệu quả hoạt động là một hàm theo cả yếu tố bên trong và bên ngoài (Olweny và Shipho, 2011).