Sau thất bại ở đất Bắc Bố Chính năm 1662, chúa Trịnh rút quân về Bắc và phải lo đánh dẹp họ Mạc quấy nhiễu ở Cao Bằng mà không dòm ngó gì ở phía Nam. Đến năm 1672, Trịnh Tạc lại rước vua Lê cùng mấy vạn quân vào đánh vùng Bắc Bố Chính. Sai Trịnh Căn làm thủy quân nguyên súy, sai Lê Hiến làm bộ quân thống suất.
Chúa Nguyễn sai Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Mỹ Đức chia quân canh giữ những nơi hiểm yếu.
Quân của Chúa Trịnh tiến đánh lũy Trấn Ninh rất hăng, có ba lần sắp phá được lũy, nhưng quân Nguyễn chống giữ rất kịch liệt. Đánh mãi không được, quân Trịnh lại lui binh về đất Bắc Bố Chính. Đến tháng chạp trời mưa rét, cọng với việc Trịnh Căn ốm nặng nên quân Trịnh cử người phòng giữ các nơi yếu lộ. Lấy sông Linh Giang (sông Gianh) làm giới hạn phân chia Đàng Trong, Đàng Ngoài rồi rút quân về Thăng Long.
Kể từ đó, Trịnh – Nguyễn mới thôi việc chiến tranh, mãi cho đến khi quân Tây Sơn nổi dậy thì chúa Trịnh mới chiếm được vùng Thuận Hóa (1774).
Kể từ năm 1627, suốt 45 năm sau đó, các đời Chúa Trịnh đã 7 lần đưa quân tiến đánh Chúa Nguyễn vào các năm: 1627, 1630, 1635, 1648, 1655, 1661, và 1672. Mặc dù thế lực binh lương của Chúa Trịnh mạnh hơn nhưng vì đường
xá xa xôi, quân sĩ mỏi mệt, trong khi đó, quân của Chúa Nguyễn thì tướng sĩ hết lòng, đồn lũy chắc chắn, lại lợi thế “sân nhà” cho nên cuộc chiến tranh giai giẳng, không phân thắng bại. Cuối cùng, hai bên phải lấy sông Gianh (Quảng Bình) làm giới tuyến chia cắt đất nước, lịch sử gọi là Đàng Trong (sông Gianh trở vào thuộc giang sơn Chúa Nguyễn), Đàng Ngoài (sông Gianh trở ra thuộc giang sơn của Chúa Trịnh).
Một ngày chiến tranh thôi cũng đã thành địa ngục rồi, đằng này có đến 7 cuộc chiến tranh diễn ra trong 45 năm. Mất mát về nhân mạng và tiền của thì không ai thống kê được nhưng chắc chắn nhân dân nhiều đời là những người phải gánh chịu sưu cao thuế nặng để phục vụ cho những cuộc chiến tranh “huynh đề tương tàn” ấy. Chắc chắn vùng đất Hà Tĩnh, Quảng Bình (ngày nay) trở thành bãi chiến trường tan hoang, kinh hoàng của nhân dân Bắc Trung bộ.
47 năm chiến tranh Trịnh – Mạc, 45 năm chiến tranh Trịnh – Nguyễn, cọng hai cuộc xung đột ấy lại ngót nghét 100 năm. Gần một thế kỷ, cả dân tộc Việt cuồng quay chém giết lẫn nhau là vì Tổ quốc, vì Dân tộc, vì Nhân dân hay vì cái quái gì? Bao nhiêu máu xương, bao nhiêu tội ác được vùi lấp trong những cuộc ly loạn tương tàn ấy? Đây không phải là cuộc chiến giữa các bộ tộc thời hoang dã, thời của những giấc mộng hùng bá dã man. Lịch sử dân tộc Việt Nam, nếu tính từ thời độc lập tự chủ đến nhà Hậu Lê đã gần 600 năm thống nhất. Trong quảng thời gian đó, dù là triều đại nào trị vì thì lòng dân và cương vực cũng đã được quy về một mối. Nghĩa là tính dân tộc thống nhất đã được cũng cố khá vững chắc, ít có chia rẽ, cát cứ. Vậy nhưng, trong khoảng 275 tiếp theo thì nạn cát cứ, mộng bá vương của những nhóm người ích kỷ đã xé nát mảnh đất và lòng người thân yêu nơi này. Ở phương diện này, thì “Mạc – Trịnh – Nguyễn” trở thành những vết thương khó lành trong lịch sử dân tộc. Điều đó cũng giải thích vì sao nhân dân không ấn tượng và hiểu nhiều về giai đoạn lịch sử này.
Trong 7 cuộc chiến tranh thì có đến 6 cuộc là do quân Trịnh chủ động tấn công gây chiến, quân Nguyễn chỉ một lần chủ động đánh ra bờ Bắc sông Linh Giang. Chúa Nguyễn hình thành trong một tình thế phải thường xuyên đối phó với sự tấn công của quân Trịnh. Vì thế, việc các đời Chúa Nguyễn luôn chủ động “tích cốc phòng cơ” cũng là dễ hiểu.
Bỏ qua những cuộc xung đột mà Chúa Nguyễn chỉ là nạn nhân kể trên, công lao khai mở vùng đất phương Nam của các đời Chúa Nguyễn là không thể kể xiết. Trong khoảng 220 năm (1558 – 1777), lãnh thổ của nước ta được mở thêm một vùng rộng lớn từ Phú Yên cho đến Cà Mau ngày nay. Đó thực sự là một “siêu đại nghiệp” mà không có một triều đại nào dù là hùng mạnh nhất trong lịch sử có thể làm nên.
Có công thì phải được ghi nhận, ngợi khen nhưng có tội thì phải bị phê phán. Trải qua 9 đời Chúa, từ Chúa Tiên là Nguyễn Hoàng (1558-1613); Chúa Sãi là Nguyễn Phúc Nguyên (1613 – 1635); Chúa Thượng là Nguyễn Phúc Lan (1635 – 1648); Chúa Hiền là Nguyễn Phúc Tần (1648 – 1687); Chúa Nghĩa là Nguyễn Phúc Thái (1687 – 1691); Chúa Quốc là Nguyễn Phúc Chu (1691 – 1725); Ninh Vương là Nguyễn Phúc Thụ (1725 – 1738); Võ Vương là Nguyễn Phúc Khoát (1738 – 1765) đến Định Vương là Nguyễn Phúc Thuần (1765 – 1777), chính quyền Đàng Trong ngày càng hủ bại, mục nát. Quyền thần Trương Phúc Loan khuynh loát mọi quyền hành, tác oai tác quái, khét tiếng tham nhũng, lòng người ai cũng căm ghét, oán hờn.
Nhận xét về thời kỳ này, trong cuốn Phủ biên tạp lục, nhà bác học Lê Quý Đôn viết: “Từ quan to đến quan nhỏ, nhà cửa chạm trổ, lấy sự phú quý phong lưu để khoe khoang lẫn nhau… Họ coi vàng bạc như cát, lúa gạo như bùn, hoang phí vô cùng. Trương Phúc Loan thu lợi 5 cửa nguồn, nhận của đút lót, vàng bạc, châu báu, gấm vóc chứa đầy nhà. Ruộng vườn, tôi tớ, trâu ngựa không biết bao nhiêu mà kể…”
Sự ăn chơi sa đọa, phung phí của tầng lớp quyền thần thế tộc đã gây nên làn sóng căm phẫn trong dân chúng. Đó là nguyên nhân chủ yếu dẫn đến phong trào nổi dậy của dân chúng, tiêu biểu là cuộc nổi dậy của anh em nhà Tây Sơn.