Lại nói, Nguyễn Ánh sau khi cầu viện quân Xiêm về đánh Gia Định bị quân Tây Sơn đánh cho đại bại năm 1785, thì lại chạy sang lưu vong ở Xiêm La. Cùng đi với Nguyễn Ánh có hàng trăm thục hạ cận thần theo phò, được vua Xiêm cho ở một khu vực riêng ở ngoài thành Vọng Các (Bangkok), gọi là Long Kỳ. Tại đây, Nguyễn Ánh tổ chức cho mọi người làm các công việc khác nhau chờ ngày phục quốc. Người thì làm ruộng để đảm bảo lương thực nuôi quân, người thì đóng các chiến thuyền, người thì lẻn về Gia Định chiêu mộ binh sĩ.
7.1. NGUYỄN VƯƠNG TÁI CHIẾM GIA ĐỊNH
Đến năm 1787, nhân nội bộ nhà Tây Sơn lục đục. Nguyễn Huệ sau khi “Phù Lê diệt Trịnh” ở Bắc Hà làm cho “vua anh” lo lắng về sự khuynh loát, thoán đoạt của “vua em” là Bắc Bình Vương – Nguyễn Huệ. Giữa “vua anh” và “vua em” ngày càng bất hòa, khiến Nguyễn Huệ phải đưa đại quân vào bao vây thành Quy Nhơn. Mặt khác lúc này, người tài giỏi và đáng sợ nhất của Nguyễn Ánh là Nguyễn Huệ lại đang lo trấn giữ vùng Bắc Hà, trong khi đó, Đông Định Vương – Nguyễn Lữ là kẻ tầm thường trấn giữ ở Gia Định. Biết được tình hình của nhà Tây Sơn như vậy, Nguyễn Ánh đã quyết định đưa cung quyến cùng thục hạ của mình về chiếm Gia Định.
Sau khi đưa cung quyến ra tạm trú ở đảo Phú Quốc, ông cùng đội quân của mình về đóng ở Long Xuyên. Trên đường tiến về Gia Định, “Nguyễn Vương đi đến đâu, những người hào kiệt theo ra rất nhiều, lại có tướng nhà Tây Sơn là
Nguyễn Văn Trương đem 300 quân và 15 chiếc thuyền ra hàng. Qua 6 tháng, Vương vào cửa Cần Giờ, quân thế to lắm, Đông Định Vương Nguyễn Lữ khiếp sợ mà phải lui về đóng ở Biên Hòa” (Việt Nam Sử lược, Trần Trọng Kim).
Bằng nhiều thủ đoạn, mưu mẹo khác nhau, đội quân của Nguyễn Ánh đã khiến cho Đông Định Vương Nguyễn Lữ phải bỏ Gia Định mà chạy về Quy Nhơn. Các tướng sĩ, thục hạ còn lại cố chống đỡ thêm một thời gian, phần thì thất bại rồi bỏ trốn, phần thì ra hàng và đầu quân cho Nguyễn Vương. Đến cuối năm 1788 – đầu 1789, Nguyễn Ánh đã tái chiếm được toàn bộ đất Gia Định.
Sau khi chiếm được Gia Định, Nguyễn Vương chỉnh trang mọi việc. Từ việc mộ dân các nơi về khai khẩn đất hoang, thông thương hàng hóa, ban hành luật pháp, chỉnh đốn võ bị…khiến cho vùng Gia Định nhanh chóng trở thành một nơi trù phú, đông đúc. Nhận định về công lao của Nguyễn Ánh thời kỳ này, sách Việt Nam Sử lược, Trần Trọng Kim viết như sau: “Cách Nguyễn Vương khai khẩn đất Gia Định thật là khôn khéo, khiến cho đất Nam Việt trước là một chỗ đất bỏ hoang, không có người ở, mà sau thành ra một nơi đông người và rất trù phú trong nước Nam ta. Ấy cũng là một cái công lớn của ông Nguyễn Phúc Ánh vậy”.