Tổng cục Thuế ra đời và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/10/1990 theo Nghị định số 281/HĐBT ngày 07/08/1990 của Hội đồng Bộ trưởng, nay là Chính phủ. Kể từ ngày thành lập ngành, ngành Thuế đã được tổ chức thành hệ thống dọc từ trung ương đến địa phương. Tại Trung ương có cơ quan quản lý
thuế cao nhất là Tổng cục Thuế; tại địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương là các Cục Thuế; tại cấp huyện/thành phố là các Chi cục Thuế trực thuộc Cục Thuế. Trong đó, cơ quan Thuế địa phương được tổ chức theo địa giới hành chính, chịu sự quản lý của cơ quan Thuế cấp trên và cấp ủy, chính quyền địa phương trong việc quản lý, tổ chức thu thuế. Nhằm tinh gọn bộ máy ngành Thuế, vừa qua Tổng cục Thuế đã sắp xếp lại tổ chức bộ máy theo Quyết định số 41/2018/QĐ-TTg ngày 25/9/2018 của Thủ tướng Chính phủ. Tính đến nay, cơ cấu ngành Thuế gồm Tổng cục Thuế, 63 Cục Thuế, 415 Chi cục Thuế.
Cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế gồm các Vụ, Văn phòng, Cục Công nghệ thông tin và các đơn vị sự nghiệp (Tạp chí Thuế, Trường Nghiệp vụ Thuế). Tại Cục Thuế gồm Văn phòng và các phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và phòng Thanh tra – Kiểm tra. Đối với Chi cục Thuế ở các quận, huyện, thị xã, thành phố, chi cục thuế khu vực gồm có các đội thuế thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế, đội thuế liên phường xã, và đội kiểm tra thuế. Nhìn chung bộ máy cơ quan thuế các cấp đến nay đã hoạt động ổn định, phát huy hiệu quả trong thực hiện các nhiệm vụ chính trị được Chính phủ và Bộ Tài chính giao.
Chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan thuế các cấp được quy định chi tiết tại Luật Quản lý thuế. Trong đó, nhiệm vụ quản lý nhà nước về các khoản thu nội địa là quan trọng nhất.