Theo đánh giá của Cơ quan Thuế Nhật Bản, các giao dịch TMĐT dù được thực hiện một phần hay toàn bộ qua mạng internet thì đều có những đặc điểm như tính nặc danh cao, dễ dàng thực hiện, phạm vi rộng, dữ liệu được mã hóa dưới định dạng số và được bảo mật… Để xử lý các vấn đề này, cơ quan Thuế Nhật Bản đã thực hiện các biện pháp như sau:
- Yêu cầu các ngân hàng cung cấp các số tài khoản được sử dụng để thanh toán các giao dịch TMĐT nhằm nhận diện các nhà cung cấp dịch vụ TMĐT.
- Thực hiện mua sắm thử để nhận email từ người bán và để nhận diện nhà cung cấp dịch vụ TMĐT.
- Sử dụng phần mềm khôi phục dữ liệu để khôi phục lại dữ liệu trên các thiết bị từ tính hoặc các đĩa cứng của các máy tính cá nhân nhằm nhận diện và khôi phục dữ liệu để tính các khoản thu nhập và để chuẩn bị trong trường hợp khiếu kiện sau này.
- Thành lập Tổ quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT bao gồm các chuyên gia công nghệ thông tin, cán bộ thanh tra, kiểm tra có kinh nghiệm được luân chuyển từ các cục thuế vùng và chi cục thuế.
- Xây dựng cơ sở dữ liệu thu thập từ các nhà cung cấp dịch vụ TMĐT… kể cả các nhà cung cấp dịch vụ đấu giá qua mạng internet và nhà cung cấp dịch vụ là các thành viên nhằm mục đích nhận diện các đối tượng tham gia vào giao dịch điện tử.
- Phát triển hệ thống dò tìm tự động trên mạng internet để thu thập thông tin từ các trang web nhằm nhận diện những người nộp thuế không rõ ràng.
- Định kỳ hàng năm tổ chức tập huấn cho các kiểm tra viên cao cấp (công nghệ thông tin) của các cơ quan thuế nắm vững các kỹ năng cơ bản trong việc sử dụng phần mềm thương mại, nắm bắt tổng quan về hệ thống thông tin và kiến thức cơ bản về mạng, phương pháp thu thập và phân tích dữ liệu các công ty.