Một điều chắc chắn rằng Thương mại điện tử sẽ gây ra những lỗ hổng cho việc thu thuế. Thuế tiêu dùng do người tiêu dùng chịu và do người bán thu; các loại thuế khác nhau được áp dụng tùy thuộc vào sản phẩm hoặc dịch vụ được bán, địa điểm của người tiêu dùng và người bán và loại người tiêu dùng (doanh nghiệp hoặc cá nhân). Nhưng với thương mại điện tử, số lượng các nhà cung cấp trực tuyến nước ngoài - những người thường xuyên phải tuân theo các quy tắc thuế khác nhau ở mỗi địa bàn khác nhau đã tăng lên đáng kể. Do đó, các quy tắc đánh thuế Internet khác biệt giữa các quốc gia có thể có tác động đáng kể đến hành vi mua hàng của người tiêu dùng. Tác động của tổn thất doanh thu thuế như vậy sẽ thay đổi tùy theo các quốc gia phụ thuộc vào thuế tiêu dùng dựa trên tổng doanh thu thuế của họ. Việc xây dựng, ban hành chính sách và quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT tại mỗi nước phụ thuộc vào mục tiêu, trình độ quản lý và mức độ phát triển của TMĐT. Thực tiễn tại Việt Nam đặt ra yêu cầu cần có những giải pháp về chính sách và quản lý thuế phù hợp để nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý đối với hoạt động này.
Thứ nhất, cần sớm hoàn thiện khung pháp lý chung về TMĐT, đặc biệt là đối với các hình thức kinh doanh mới như tiền điện tử, tiền ảo, tài sản ảo, các mô hình kinh tế chia sẻ đảm bảo việc triển khai đồng bộ, nhất quán, từ đó nâng cao hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý nhà nước nói chung và quản lý thuế nói riêng. Dự thảo sửa đổi Luật Quản lý thuế đã được ban hành, thiết nghĩ cần có những sự sửa đổi để khung pháp lý có thể áp dụng phổ biến với quản lý thuế điện tử; quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế, bao gồm quy định cơ quan thuế phải xây dựng được “Trung tâm xử lý dữ liệu trong giao dịch điện tử” với vai trò tiếp nhận, kiểm soát hồ sơ thuế và kiểm tra tự động, trả thông báo tự động cho người nộp thuế. Đồng thời, trong bối cảnh hội nhập quốc tế, khi xây dựng cần chú ý đến các thông lệ quốc tế (hiện nay vẫn theo các quy định của OECD) nhất là trong hoạt động với các cá nhân, tổ chức nước ngoài.
Thứ hai, hoàn thiện cơ cấu tổ chức của bộ máy cơ quan quản lý thuế (nhất là đối với TMĐT); đảm bảo phân bổ nguồn lực tối ưu hơn để nâng cao hiệu quả quản lý của cơ quan thuế trong lĩnh vực TMĐT. Có thể nghiên cứu thành lập một đơn vị chuyên trách để quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT, tăng cường công tác đào tạo, tập huấn các kỹ năng khai thác, tìm kiếm, truy tìm và thu thập thông tin trên mạng Internet nhằm nhận diện người nộp thuế không tuân thủ, thu thập thông tin trực tiếp phục vụ thanh tra, kiểm tra người nộp thuế; tổ chức tập huấn, đào tạo về các hình thức kinh doanh TMĐT, các kỹ năng đặc biệt cho cán bộ các kỹ năng thanh tra, kiểm tra máy tính, phương pháp thu thập, truy lần dấu vết giao dịch, phân tích và khôi phục dữ liệu kinh doanh của DN.
Thứ ba, cơ quan thuế tăng cường phối hợp với các bộ, ngành liên quan trong công tác quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT. Cụ thể, phối hợp với Ngân hàng Nhà nước cung cấp bảng sao kê tài khoản của các tổ chức, cá nhân hoạt động TMĐT mở tại các ngân hàng thương mại tại Việt Nam, các tổ chức không phải là ngân hàng được Ngân hàng Nhà nước cấp phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán; Phối hợp với các công ty chuyển phát, công ty bưu chính, viễn thông... có cung cấp dịch vụ vận chuyển hàng hóa cho các tổ chức, cá nhân có hoạt động kinh doanh TMĐT cung cấp số lượng hàng hóa vận chuyển của tổ chức, cá nhân có hoạt động TMĐT... nắm bắt thông tin của các đơn vị có hoạt động TMĐT. Đồng thời, cần kết hợp với hệ thống ngân hàng thương mại để thanh tra, kiểm tra các DN có dấu hiệu trốn thuế, thông qua việc kiểm soát dòng tiền của các DN.
CHƯƠNG 2
THỰC TRẠNG QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HOẠT ĐỘNG THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ TẠI VIỆT NAM