Thương mại điện tử chỉ phát triển mạnh mẽ trong mấy năm trở lại đây, do đó việc quản lý thuế đối với hoạt động này của cơ quan thuế cũng đang đối mặt với không ít khó khăn và rào cản:
Thứ nhất, hệ thống pháp luật của Việt Nam liên quan đến quản lý thuế đối với hoạt động thương mại điện tử còn có những nội dung chưa đồng bộ và hoàn thiện. Do đây là loại hình kinh doanh mới dựa trên nền tảng công nghệ vốn rất khó kiểm soát, nên hiện nay ở nước ta các quy định thuế liên quan đến hoạt động thương mại điện tử vẫn “chung chung”, chưa bám sát được thực tiễn phát sinh.
Thứ hai, phương thức thanh tra, kiểm tra hoạt động thương mại điện tử đòi hỏi những yêu cầu rất khác so với thanh tra, kiểm tra theo phương thức truyền thống. Chẳng hạn, để thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra, cán bộ thuế cần phải có trình độ cao về tin học, ngoại ngữ và phải giỏi về các ứng dụng, phần mềm hỗ trợ để truy lần dấu vết giao dịch, kết xuất dữ liệu lịch sử giao dịch làm bằng chứng đấu tranh đối với các hành vi vi phạm của người nộp thuế. Trình độ công nghệ của cán bộ thuế hiện nay chưa thể thực hiện để bao quát được nhiệm vụ này.
Thứ ba, giao dịch thương mại điện tử có những đặc điểm ảo, khó kiểm chứng thông tin nhận dạng, tính rộng lớn, tính quốc tế, dễ dàng tiếp cận, dễ dàng xóa bỏ, thay đổi nên tạo sự khó khăn trong việc nắm bắt các giao dịch. Ngoài ra, quản lý thuế hiện nay đối với loại hình kinh doanh qua mạng cũng gặp nhiều khó khăn trong việc quản lý như khó xác định chính xác được người nộp thuế, doanh thu phát sinh... nắm bắt quy mô hoạt động kinh doanh, nắm bắt toàn bộ quá trình giao dịch...
Thứ tư, khó quản lý do sự phát triển nhanh của kỹ thuật công nghệ. Hoạt động thương mại điện tử được thực hiện qua các phương tiện công nghệ thông tin như: Điện thoại di động, máy tính, có thể phát sinh mọi lúc, mọi nơi, không giống như hình thức kinh doanh truyền thống (có cửa hàng, địa chỉ DN...). Ngoài ra, thông tin của người mua và người bán thường không hiển thị cụ thể, cơ quan thuế muốn tìm kiếm cũng rất khó khăn.
ngày càng gia tăng, kéo theo các hình thức kinh doanh thương mại điện tử cũng sẽ ngày càng phát triển đa đạng và phức tạp. Nếu cơ quan thuế không kịp nắm bắt và có biện pháp quản lý phù hợp sẽ không quản lý được DN, tạo ra sự mất bình đẳng trong môi trường kinh doanh và mất nguồn dư địa thuế dồi dào, đặc biệt trong bối cảnh khó khăn về thu ngân sách như hiện nay.Ý thức tuân thủ pháp luật thuế của một bộ phận kinh doanh thương mại điện tử chưa cao, việc quản lý thu thuế trên thực tế hiện nay còn gặp không ít khó khăn. Hiện nay, các hình thức thu thuế vẫn chủ yếu là tổ chức, cá nhân tự khai, tự tính và tự nộp cho Nhà nước.
Lợi dụng quy định này, hầu hết các cá nhân và DN kinh doanh qua mạng Internet tìm mọi cách để “lách”, để tránh nộp thuế, cho dù ngành Thuế đã có nhiều giải pháp tìm cách quản lý nhằm giảm thất thu ngân sách nhà nước.
Thứ năm, trong quản lý thuế đối với hoạt động thương mại điện tử đòi hỏi cán bộ thuế phải tường tận nghiệp vụ cả về chuyên ngành Thuế, kinh tế, công nghệ thông tin, ngoại ngữ. Do đó, cần tăng cường đào tạo bồi dưỡng cán bộ thuế.
Thứ sáu, chính sách và pháp luật còn thiếu tính đồng bộ. Bảo vệ thông tin cá nhân có tầm quan trọng đặc biệt đối với thương mại điện tử. Nhiều văn bản quy phạm phap luật đã có các quy định về bảo vệ thông tin cá nhân như Bộ luật Dân sự, Bộ luật Hình sự, Luật Công nghệ thông tin, Luật An toàn thông tin mạng, Nghị định về Thương mại điện tử, Nghị định Quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bưu chính, viễn thông, công nghệ thông tin và tần số vô tuyến điện. Tuy nhiên, tình trạng thu thập, sử dụng, phát tán, kinh doanh trái pháp luật thông tin cá nhân vẫn diễn ra phổ biến. Rõ ràng, nguy cơ bị thu thập, sử dụng, phát tan, kinh doanh trái pháp luật thông tin cá nhân là một trong những nguyên nhân làm suy giảm lòng tin của người tiêu dùng với thương mại điện tử. Người tiêu dùng sẽ chờ đợi những tín hiệu tích cực từ việc thực thi Luật An ninh mạng đối với vấn đề nhức nhối này.
CHƯƠNG 3
GIẢI PHÁP TĂNG CƯỜNG QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HOẠT ĐỘNG THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ TẠI VIỆT NAM