Việc thực hiện kế hoạch kiểm toán sẽ đƣợc thực hiện tại các đơn vị bởi các nhóm kiểm toán. Mỗi nhóm kiểm toán sẽ bao gồm có trƣởng nhóm kiểm toán và các trợ lý kiểm toán. Toàn bộ công việc kiểm toán đều đƣợc soát xét bởi chủ nhiệm kiểm toán.
Mẫu giấy làm việc kiểm tra thực hiện các thủ tục kiểm soát. Các bƣớc thực hiện:
(1) Khoanh vùng rủi ro:
Rủi ro kiểm toán là khả năng mà KTV đƣa ra ý kiến không xác đáng về đối tƣợng đƣợc kiểm toán, và rủi ro kiểm toán là điều không thể tránh khỏi trong bất cứ cuộc kiểm toán nào. Khi bắt đầu thực hiện kiểm toán, KTV cần thực hiện khoanh vùng rủi ro kiểm toán nhằm hạn chế và kiểm soát mức rủi ro có thể xảy ra trong một mức độ cho phép. Việc khoanh vùng rủi ro đòi hỏi rất nhiều ở kinh nghiệm và trình độ của KTV, điều này cũng cần căn cứ nhiều vào hệ thống KSNB của Công ty khách hàng, quy trình kế toán và đặc điểm ngành nghề kinh doanh.
Chƣơng trình kiểm toán gồm hai bƣớc là quy trình phân tích và kiểm tra chi tiết, với nguồn dữ liệu lấy từ KH. Thông thƣờng đối với bất kỳ một khoản mục nào, KTV cũng cần thực hiện xem xét qua hệ thống KSNB, kiểm tra số liệu tổng hợp, thực hiện thủ tục phân tích soát xét, và cuối cùng là đi đến kiểm tra chi tiết trên chứng từ kế toán.
(3) Quy trình phân tích.
Thực hiện phân tích biến động của các chỉ tiêu kế toán, xem xét các biến động bất thƣờng từ đó tiến hành kiểm tra các khoản mục nghi ngờ sai phạm. Trong tổ chức thực hiện thủ tục phân tích đòi hỏi nhiều ở trình độ và sự phán đoán, kinh nghiệm của KTV. Thông thƣờng trong thủ tục phân tích đòi hỏi những giai đoạn nhƣ sau:
Xem xét các chỉ tiêu kế toán cần phân tích xem mức độ độc lập và tin cậy để đảm bảo mục tiêu phân tích: Tính độc lập và tin cậy của dữ liệu tài chính và nghiệp vụ sử dụng trong mô hình có ảnh hƣởng trực tiếp đến tính chính xác của dự đoán và tới bằng chứng thu đƣợc từ thủ tục phân tích.
Nguồn của dữ liệu: Những dữ liệu nào có nguồn gốc từ bên ngoài sẽ có độ tin cậy cao hơn những dữ liệu có nguồn gốc bên trong DN. Các dữ liệu từ bên trong DN chỉ có độ tin cậy cao hơn nếu chúng độc lập với ngƣời chịu trách nhiệm cho giá trị đƣợc kiểm toán. Những dữ liệu đã đƣợc kiểm toán có độ tin cậy cao hơn dữ liệu chƣa đƣợc kiểm toán...
Tính kế thừa và phát triển của thủ tục kiểm toán dữ liệu trước đó: Đây là nội dung khá quan trọng trong cuộc kiểm toán, việc kế thừa và phát triển dựa trên các thủ tục kiểm toán trƣớc đó sẽ làm giảm chi phí kiểm toán và tăng chất lƣợng cuộc kiểm toán lên nhiều.
(4) Kiểm tra chi tiết:
Là việc áp dụng trắc nghiệm tin cậy và trắc nghiệm trực tiếp số dƣ để kiểm toán từng khoản mục (nghiệp vụ) tạo nên số dƣ trên khoản mục, thực hiện kiểm tra chi tiết trên các TK, chứng từ kế toán và tài liệu khác có liên quan. KTV phải xem xét từ số tổng hợp, theo dõi các nghiệp vụ bất thƣờng, phát sinh lớn, hay không bình
chứng từ.