Trải qua 13 năm hoạt động, dù đã tạo đƣợc sự uy tín của mình trên thị trƣờng Kiểm toán tại Việt Nam nhƣng công ty vẫn còn gặp một số vấn đề khó khăn trong quá trình phát triển và hội nhập.
- Thông tin thu thập được từ khách hàng không mang tính khách quan
Do quỹ thời gian phân bổ cho mỗi cuộc kiểm toán là không nhiều, và sự dày đặc trong lịch trình kiểm toán của các kiểm toán viên khiến cho việc thu thập thông tin từ khách hàng, vốn đòi hỏi khá nhiều kinh nghiệm và thời gian chỉ đƣợc trƣởng nhóm kiểm toán thu thập thông qua việc trao đổi thông tin với ban giám đốc hoặc kế toán trƣởng, không có sự quan sát trực tiếp tình hình sản xuất kinh doanh cũng nhƣ hiểu biết rõ về các quy trình kiểm soát cũng nhƣ việc đảm bảo thực hiện của doanh nghiệp, nên tính khách quan của thông tin thu thập đƣợc không cao.
- Lưu trữ giấy tờ làm việc thiếu tính linh động
Công ty AGS có thực hiện việc thiết kế ra các giấy tờ làm việc dựa trên chƣơng trình kiểm toán mẫu của VACPA và đƣợc thực hiện toàn bộ trên excel. Sau khi đƣợc xét duyệt, các giấy tờ làm việc sẽ đƣợc công ty lƣu trữ dƣới dạng file mềm và dƣới
dạng file cứng. Đối với file cứng, công ty sẽ lƣu trữ trong một kho mở đối với các giấy tờ làm việc có niên độ gần và kho đóng đối với những giấy tờ làm việc cho những khách hàng có niên độ trôi qua đã lâu. Tuy nhiên, việc lƣu trữ trên file cứng đôi khi thiếu đi sự đầy đủ và chƣa rõ ràng nên các KTV thƣờng có nhu cầu sử dụng file mềm. Song, file mềm đƣợc lƣu trữ tại máy tính cá nhân hoặc tài khoản lƣu trữ cá nhân nên việc xin lại file cũ để phục vụ cho kiểm toán năm nay gặp khá nhiều khó khăn.
- Mức độ thực hiện thử nghiệm kiểm soát thấp
Mặc dù có thực hiện thủ tục phân tích hệ thống KSNB cũng nhƣ phỏng vấn ban giám đốc, kế toán trƣởng của doanh nghiệp khách hàng song tiến hành bằng lời nói chủ yếu, chƣa đi sâu vào các thủ tục để đánh giá hệ thống cũng nhƣ mức độ tuân thủ hệ thống KSNB của công ty.