Nhiều trang trại chưa bắt kịp tiến bộ khoa học kỹ thuật tiên tiến để áp dụng vào trong sản xuất, dẫn đến năng suất, chất lượng sản phẩm làm ra chưa cao, sức cạnh tranh yếu, giá bán thấp.
Hầu hết chủ trang trại chưa có sự liên kết trong các khâu từ sản xuất tới tiêu thụ, bị động trước thị trường và chịu cảnh để thương lái định đoạt giá của sản phẩm. Điển hình như tại xã Cấn Hữu (huyện Quốc Oai, Hà Nội) có 71 trang trại chăn nuôi được xây dựng theo mô hình chi hội, nhóm hộ chăn nuôi cũng chỉ hỗ trợ nhau về kỹ thuật, con giống, còn chủ yếu vẫn tiêu thụ theo kiểu "mạnh ai nấy làm", rất khó để hình thành chuỗi sản xuất khép kín, an toàn và khoa học. Hiện nay người dân gặp khó khăn lớn nhất trong việc tiếp cận được nguồn vốn vay để đầu tư làm chuồng trại.Việc cấp giấy chứng nhận kinh tế trang trại hiện nay không có giá trị về kinh tế, không thể thế chấp vay vốn. Theo Nghị định số 55/2015/NĐ-CP, về định mức cho các trang trại vay vốn đối với khu vực đồng bằng, mức vay tối đa tuy đã tăng từ 500 triệu đồng (Nghị định 41/2010/NĐ-CP) lên 1 tỷ đồng nhưng thủ tục vay vẫn còn phức tạp, qua nhiều đầu mối trung gian, người dân khó tiếp cận được nguồn vốn vay.
Các địa phương cần tiến hành rà soát và quy hoạch lại đất đai, đầu tư hỗ trợ đầu
vào cho các trang trại, nhất là về cơ sở hạ tầng, kỹ thuật, công cụ sản xuất, nhà máy bảo quản, chế biến sau thu hoạch và chú trọng xây dựng kênh phân phối sản phẩm bảo đảm đầu ra ổn định cho các gia trại, trang trại.