Mặc dù Vietcombank Ninh Thuận đã tích cực tiến hành nhiều biện pháp nhưng hiệu quả hoạt động cho vay tại chi nhánh vẫn còn tồn tại một số hạn chế, cụ thể:
Thứ nhất, tỷ lệ nợ quá hạn và nợ xấu ở mức tương đối cao. Có thể thấy rằng, tỷ lệ nợ quá hạn của Vietcombank Ninh Thuận giai đoạn 2016-2019 đều xấp xỉ mức 3% trong tổng dư nợ cho vay DNNVV, tỷ lệ nợ xấu trên dưới 2% giai đoạn 2016- 2018 và giảm xuống vào năm 2019. Điều này chứng tỏ đi kèm với sự tăng trưởng tín dụng ở mức cao thì chất lượng tín dụng chưa được đảm bảo, công tác quản lý nợ tại chi nhánh chưa được chú trọng thích đáng khi đẩy mạnh cho vay. Việc tồn tại nợ xấu làm giảm hiệu quả kinh doanh, cũng như giảm uy tín của Vietcombank Ninh Thuận trên thị trường. Các khoản nợ xấu đa phần đều phải nhờ đến sự hỗ trợ của cơ
quan pháp luật nên thời gian thu hồi kéo dài, nhiều thủ tục gây lãng phí thời gian và nhân lực.
Việc xử lý tài sản đảm bảo khi xử lý nợ xấu không kiên quyết, dứt điểm nên hiệu quả chưa cao. Quy trình phát mại tài sản đảm bảo tiền vay còn phức tạp, khi khách hàng không tự nguyện bàn giao tài sản thì gần như bế tắc trong việc thu hồi tài sản để phát mại.
Thứ hai, tăng trưởng tín dụng khá nóng. Trong các năm qua, Ban Lãnh đạo Vietcombank Ninh Thuận đã quá chú trọng đến mục tiêu lợi nhuận từ hoạt động tín dụng mà đã đưa ra mức tăng trưởng tín dụng, tăng trưởng lợi nhuận quá cao. Theo đó, nhiều trường hợp quá quan tâm đến số lượng, mục tiêu tăng trưởng quy mô mà xem nhẹ chất lượng tín dụng, giảm thấp điều kiện cung cấp tín dụng cho khách hàng có năng lực còn yếu kém làm tăng tình trạng nợ quá hạn.
Thứ ba, doanh số cho vay đối với DNNVV chưa hợp lý. Dư nợ trung và dài hạn chiếm tỷ trọng thấp. Tình trạng này phản ánh được mức độ ổn định của dư nợ nhưng còn nhiều hạn chế. Với tỷ lệ dư nợ cho vay trung và dài hạn thấp, cho thấy công tác tìm kiếm và thẩm định các dự án đầu tư trung và dài hạn của doanh nghiệp chưa được quan tâm đúng mức.
Thứ tư, năng lực trình độ cán bộ chưa đáp ứng được yêu cầu công nghệ hiện đại. Kinh nghiệm, kiến thức của cán bộ Vietcombank Ninh Thuận còn hạn chế. Chi nhánh ngân hàng có tỷ lệ cán bộ có trình độ đại học cao (từ 60% đến 90%) nhưng điều đó không có nghĩa là năng lực trong công việc đủ đáp ứng yêu cầu, do khâu đào tạo tại các bậc đại học còn yếu kém, trong khi công nghệ thông tin đang ngày càng trở nên quan trọng và là động lực hoạt động và phát triển của các NHTM, số lượng cán bộ công nghệ thông tin có trình độ sẵn sàng làm cho ngân hàng không phát triển, thậm chí còn giảm đi do chuyển sang các công ty tin học, phần mềm có thu nhập cao hơn.