1. TỔNG QUAN
1.11.1.Phương pháp MLST cho Campylobacter
Vào năm 2001, Dingle và đồng sự [23] đề xuất một hệ thống MLST cho
C. jejuni mà sau đó đã được cập nhật để bao gồm cho cả C. coli và tất cả các
loài Campylobacter khác sử dụng cùng các phân đoạn gen. Các loci của gen được đề xuất cho C. jejuni là: aspA (aspartase), glnA (glutamine synthetase),
(transketolase), pgm (phospho glucomutase) and uncA (ATP synthase alpha subunit).
Các loci gen được chọn không liên kết với nhau trên nhiễm sắc thể vì khoảng cách tối thiểu giữa các loci là 70kb, chúng phân bố khắp nhiễm sắc thể
của C. jejuni và cung cấp một mức độ thay đổi phù hợp bên trong các allele (Hình 1.7).
Hình 1.7 Vị trí trên nhiễm sắc thể của các loci được chọn trong phương
pháp MLST [23]
Vị trí của 7 loci trên bản đồ của C. jejuni là bắt nguồn từ trình tự bộ gen của C. jejuni NCTC
11168. Bộ gen 1641.481 bp được chia thành 10 phân đoạn (bên trong vòng tròn), mỗi phân
đoạn đại diện 164.148 bp
Dingle và đồng sự đã thiết kế mồi dựa vào trình tự bộ gen của C. jejuni
đã được công bố. Các mồi được sử dụng để khuếch đại một đoạn gen khoảng
450-550 bp phụ thuộc vào loci của gen. Các phân đoạn gen từ mỗi một loci trong 7 loci được giải trình tự và các allele sẽ được cho một con số dựa vào thứ
tự thời gian chúng được xác định. Bảy allele tại 7 loci gen này hình thành nên một kiểu trình tự trọn vẹn – sequence type (ST) mà cũng được cho một con số
aspA sẽ là aspA1 và trình tự ST đầu tiên sẽ là ST-1 và vân vân. Dingle và đồng
sự đã sử dụng thuật toán BURST (Based Upon Related Sequence Types - một
thuật toán chuyên phân tích dữ liệu về trình tự MLST) để xác định clonal
complex (CC); các mẫu phân lập được xác định thuộc clonal complex nhất định
nếu mỗi mẫu phân lập có chung ít nhất 4 trong 7 allele so với kiểu trình tự (ST)
trung tâm giả định của clonal complex đó (clonal complex mang tên của kiểu
trình tự trung tâm).