Mục tiêu chung của một chương trình quản lý tổng hợp vùng ven bờ là đảm bảo sử dụng bền vững, tốt nhất các tài nguyên thiên nhiên vùng bờ và duy trì lợi ích nhiều nhất từ môi trường tự nhiên. Về mặt thực tế, chương trình quản lý tổng hợp vùng ven bờ hỗ trợ các mục tiêu quản lý thông qua việc đưa ra cơ sở cho việc sử dụng bền vững các tài nguyên, bảo tồn đa dạng sinh học, ngăn ngừa thiên tai, kiểm soát ô nhiễm, tăng cường lợi ích, phát triển bền vững nền kinh tế và tối ưu hóa việc sử dụng đa mục tiêu.
Các mục tiêu cụ thể bao gồm: hỗ trợ ngành thủy sản, thu hút khách du lịch, nâng cao sức khỏe cộng đồng, tăng cường nhận thức cộng đồng, duy trì sản lượng sản phẩm có được từ các vùng ngập mặn,... Tất cả các điều này đòi hỏi các hành động của cộng đồng phải được điều phối tốt. Đó chính là cái mà quản lý tổng hợp vùng ven bờ cần làm. Các mục tiêu cụ thể đó là:
• Hướng dẫn mức độ sử dụng và can thiệp đối với nguồn tài nguyên ven biển để chúng không bị sử dụng hoặc can thiệp quá sức mang cho phép bằng cách phân định ra các nguồn tài nguyên nào có thể khai thác mà không gây ra suy thoái hoặc cạn kiệt, hay nguồn tài nguyên nào cần phải cải tạo hoặc khôi phục lại để cho những mục đích sử dụng truyền thống và các mục đích khác sau này;
• Duy trì môi trường vùng bờ với chất lượng cao nhất, xác định và bảo vệ các loài có giá trị, xác định và bảo tồn các sinh cảnh vùng bờ quan trọng;
• Giải quyết các mâu thuẩn giữa các hoạt động tác động đến tài nguyên vùng bờ và việc sử dụng không gian;
• Tôn trọng các quy trình tự nhiên, khuyến khích các qui trình có lợi và ngăn chặn những sự can thiệp có hại;
• Xác định và kiểm soát các hoạt động gây tác hại lên môi trường vùng bờ;
• Kiểm soát các ô nhiễm từ nguồn, từ dòng chảy tràn và từ việc tràn hóa chất do sự cố;
• Khuyến khích các hoạt động có tính kết hợp hơn là những hoạt động có tính cạnh tranh;
• Đảm bảo rằng các mục tiêu kinh tế, xã hội, môi trường đạt được với mức chi phí có thể chấp nhận được với xã hội;
• Bảo đảm các quyền và sử dụng truyền thống và các cách tiếp cận hợp lý đối với tài nguyên;
• Nâng cao nhận thức, phát triển cộng đồng.
Một điều quan trọng sống còn đối với sự thành công của quy trình QLTHVB là việc bảo đảm sự tham gia và cam kết đầy đủ của các cộng đồng địa phương từ những giai đoạn đầu tiên. Điều này đặc biệt quan trọng trong trường hợp nhiều hoặc toàn bộ vùng ven bờ thuộc quyền quản lý của địa phương, bởi nhiều khi địa phương có sự chiếm hữu truyền thống và có các quyền khai thác các nguồn tài nguyên thiên nhiên.