Quần thể Chùa Hƣơng có nhiều công trình kiến trúc rải rác trong thung lũng suối Yến. Khu vực chùa Ngoài, còn gọi là chùa Trò, tên chữ là chùa Thiên Trù. Chùa Trong là một động đá thiên nhiên. Ở lối xuống hang có cổng lớn, trán cổng ghi 4 chữ Hương Tích động môn. Qua cổng là con dốc dài, lối đi xây thành 120 bậc lát đá. Vách động có năm chữ Hán 南天第一峝 (Nam thiên
đệ nhất động) khắc năm 1770, là bút tích của Tĩnh Đô Vƣơng Trịnh Sâm (1739 - 1782). Ngoài ra động còn có một số bia và thi văn tạc trên vách đá.
Khu di tích chùa Hƣơng thuộc phần cuối của dẫy núi đá vôi kéo dài từ Lan Nhi Thăng, cao nguyên Sơn La, cao nguyên Mộc Châu, vùng đá vôi Hoà
Bình - Ninh Bình đến tận bờ biển Nga Sơn - Thanh Hóa, với độ cao từ 1.444 m (đỉnh Bu Lan Nha Thăng) giảm xuống 100 - 300 m về phía biển đi xuống. Khu vực này tiếp giáp với châu thổ sông Hồng, đây chính là ranh giới giữa rừng núi, đồng bằng về phía Tây Nam, đồng bằng sông Hồng. Do vậy, dãy núi Hƣơng Sơn cũng chỉ là núi thấp, đỉnh cao nhất là 381 m.
Hệ thống núi ở đây không chỉ đẹp ở chiều cao mà còn đẹp ở chiều dầy, chiều rộng ở các quần tụ bố cục nhịp nhàng giữa núi với núi và núi với nƣớc. Những dãy núi ở đây đều có hình dáng độc đáo và có ý nghĩa ở chốn cửa phật nhƣ núi mâm xôi với hình ảnh mâm xôi con gà hay núi voi phục mang vẻ đẹp tự nhiên của tạo hoá. Do phần lớn núi đá bị nƣớc xâm thực qua quá trình kiến tạo lâu dài nên khu vực này hình thành nên nhiều hang động tự nhiên rất đẹp, có giá trị du lịch nhƣ: Động Hƣơng Tích, Hinh Bồng, Long Vân, Tuyết Sơn...
Đánh giá chung về địa hình, địa mạo khu vực Chùa Hƣơng cho thấy đây là nơi có địa hình núi thấp xâm thực nhƣng nằm ngay cạnh đồng bằng, có phong cảnh “sơn thuỷ hữu tình” có lợi thế rất lớn về mức độ hâp dẫn du khách.