Suối Yến dài khoảng hơn 4 km có vai trò quan trọng trong việc phát triển du lịch tại chùa Hƣơng, duy trì sinh cảnh, cung cấp nƣớc cho đời sống và hoạt động canh tác của ngƣời dân địa phƣơng. Suối Yến là đƣờng di chuyển để vào chùa trong (tổ hợp chùa Thiên Trù, Giải Oan, động Hƣơng Tích…) vậy nên mỗi ngày có rất nhiều lƣợt khách di chuyển, mỗi chuyến đò sẽ có thời gian gần 1 giờ. Đó là khoảng thời gian du khách đƣợc thƣ thả ngắm cảnh nƣớc non, núi mây thơ mộng, đối với một số du khách là khoảng thời gian nghỉ ngơi, hoạt động ăn uống và vô tình hoặc cố ý xả rác ngay trên dòng suối Yến. Thành phần là túi nilon, vỏ chai nhựa, lon nƣớc ngọt, vỏ trái cây, vỏ bánh kẹo bằng nilon, giấy, thức ăn thừa… Hình ảnh này không chỉ làm mất mỹ quan môi trƣờng mà còn là nguyên nhân gây ô nhiễm dòng nƣớc. Hiện Ban tổ chức lễ hội đã ký hợp đồng với công ty Yến Hƣơng để tăng cƣờng hoạt động thu gom, vớt rác trên dòng suối Yến vào 3 tháng lễ hội nên lƣợng rác thải nổi trên dòng nƣớc đã giảm bớt khá nhiều. Nhƣng để giải quyết triệt để tình trạng này và tiết kiệm nguồn nhân lực nên có biện pháp tuyên truyền giáo dục, xử lý tới cả du khách và các thuyền đò hoạt động trên dòng suối.
Ngoài ra bãi rác Mả Mê chỉ cách suối Yến khoảng 20 m nên nƣớc rỉ rác cũng là một tác nhân gây ô nhiễm nguồn nƣớc. Nguồn gây ô nhiễm này rất nguy hiểm vì ngoài màu đen, mùi khó chịu thì nó còn là nguồn gây bệnh dịch.
Ngoài suối Yến thì toàn bộ môi trƣờng nƣớc mặt tại khu vực (ao, hồ) cũng đang ngày càng ô nhiễm do lƣợng lớn nƣớc thải từ các cơ sở kinh doanh dịch vụ nhƣ nhà hàng, nhà nghỉ, khách sạn… Theo nhu cầu thực tế hàng năm lƣợng khách đều tăng thì cơ sở dịch vụ cũng phải tăng để đáp ứng. Gần nhƣ tất cả các cơ sở kinh doanh dich vụ trên địa bàn đều không có hệ thống xử lý nƣớc thải trƣớc khi xả thải vào dòng nƣớc tiếp nhận.
Nƣớc sinh hoạt khu vực Thiên Trù, Hƣơng Tích đƣợc cung cấp bởi Trạm cấp nƣớc sạch Thiên Trù - Hƣơng Tích với công suất 750 m3/ngày. Lƣợng nƣớc tiêu thụ mùa lễ hội là 140 - 200 m3/ngày, vào ngày thƣờng là 70 -
90 m3/ngày. Lƣợng nƣớc thải sẽ tƣơng đƣơng lƣợng nƣớc cấp vào. Hiện nguồn nƣớc thải sinh hoạt đang đƣợc tiếp nhận và xử lý bằng biện pháp sinh học thông qua hệ thống bể tự hoại 3 ngăn (bể lắng 1, lên mem hiếm khí, bể lắng 2), nƣớc thải sau khi qua bể lắng sẽ đƣợc thải trực tiếp ra môi trƣờng đất và dòng suối Yến.