Hệ thống núi đá Phong Nha - Kẻ Bàng rất rộng lớn, không chỉ giới hạn ở địa phận Việt Nam mà còn trải rộng sang cả Lào với tổng diện tích khoảng 200.000 ha và được đánh giá là vùng Castơ rộng nhất thế giới (Pierre Gourou, 1960), nơi đây cịn giữ được một thảm rừng nhiệt đới ít bị tác động, độ che phủ trên 95%, là nơi có tính đa dạng sinh học cao, là một mẫu điển hình về rừng nhiệt đới trên núi đá vơi khơng chỉ cho Việt Nam mà cho tồn thế giới.
Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Nha - Kẻ Bàng có tên trong danh sách 87 Khu rừng đặc dụng của Việt Nam theo Quyết định số 194/CT ngày 9 tháng 8 năm
1986 của Chủ tịch hội đồng Bộ Trưởng với diện tích là 5.000 ha, đến ngày 18tháng
11 năm1993, mới được chính thức thành lập theo Quyết định số 964QĐ/UB ngày 3 tháng 12 năm 1993 của UBND tỉnh Quảng Bình với diện tích là 41.132ha, với tên gọi chính thức “Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Nha”.
Năm 1998, Bộ nông nghiệp và Phát triển nông thôn giao cho Chi cục Kiểm lâm Quảng Bình phối hợp với Viện điều tra qui hoạch rừng tiến hành khảo sát xây dựng Dự án đầu tư thành lập VQG Phong Nha - Kẻ Bàng với diện tích 147.945 ha. Quyết định của thủ Tướng Chính phủ số 198/ QĐ -TTg ngày 2 tháng 12 năm 2001 đã chuyển hạng Khu bảo tồn thiên nhiên Phong Nha - Kẻ Bàng huyện Bố Trạch tỉnh Quảng Bình thành VQG Phong Nha - Kẻ Bàng. VQG Phong Nha - Kẻ Bàng bao gồm các xã Tân Trạch, Thượng Trạch, Phúc Trạch. Xuân Trạch và Sơn Trạch với tổng diện tích 85.754 ha.
Chia làm 3 phân Khu: Khu bảo vệ nghiêm ngặt, Khu phục hồi sinh thái và Khu hành chính.