Một số phương pháp thông dụng để xác định kiểu gen ESBL như phương pháp lai DNA, phương pháp khuếch đại DNA (PCR) hay phương pháp giải trình tự DNA.
• Phương pháp lai DNA với các mẫu dò DNA đặc hiệu với gen mã hóa các enzym họ TEM, SHV hay CTX-M. Các oligonucleotide được thiết kế để tìm các đột biến điểm của từng loại ESBL dưới điều kiện lai nghiêm ngặt. Phương pháp này được sử dụng rất sớm từ cuối những năm 80 để phát hiện các enzym này. Tuy nhiên, đây là một phương pháp công phu và tốn kém [30].
• Phương pháp PCR có khả năng phát hiện các gen ESBL nhờ khuếch đại đoạn gen mã hóa enzym này bằng các cặp mồi đặc hiệu. Mồi được thiết kế trong các vùng bảo tồn (vùng gen ít bị đột biến) dựa trên trình tự sẵn có của các gen này được công bố trên các cơ sở dữ liệu như NCBI. Đây là một phương pháp đơn giản và được sử dụng rộng rãi. Mặc dù vậy, phương pháp này cũng không thể phân biệt được tất cả các biến thể trong từng họ enzym [30].
• PCR-RFLP (PCR - Restriction Fragment Length Polymorphism) được áp dụng để phát hiện có hiệu quả các biến thể ở mỗi loại ESBL. Sản phẩm khuếch đại được cắt bởi enzym cắt giới hạn sau đó được tách ra bằng điện di trên gel agarose để phát hiện các đột biến. Các kích thước khác nhau của sản phẩm cắt cho thấy các đột biến điểm bên trong cấu trúc gen mã hóa ESBL, từ đó có thể phân biệt các biến thể enzym khác nhau [30].
• Giải trình tự DNA (DNA sequencing) hiện được coi là tiêu chuẩn vàng trong xác định gen mã hóa β-lactamase. Phương pháp này có thể phát hiện được hầu hết các biến thể enzym khác nhau [30].