Đề bảo tồn có hiệu quả các loài chim nước, điều quan trọng đầu tiên là phải bảo vệ tốt các sinh cảnh của chúng, nhằm duy trì môi trường sống phù hợp, an toàn trong mùa sinh sản, nơi cư trú, nơi kiếm ăn, làm tổ... để làm được điều đó cần phải thực hiện đồng bộ các giải pháp:
- Tăng cường công tác quản lý, bảo vệ nguyên trạng diện tích rừng trong khu vực lòng hồ. Nghiêm cấm việc khai thác gỗ trái phép trong VQG, đặc biệt là khai thác rừng khu vực lòng hồ Sông Mực.
- Thực hiện các giải pháp hạn chế và dần đi đến triệt tiêu loài Mai dương trên lòng hồ sông Mực bằng các biện pháp an toàn không làm ảnh hưởng tiêu cực đến hệ sinh thái, trả lại nguyên trạng sinh cảnh kiếm ăn của các loài chim nước trên những khu vực có Mai dương phân bố. Đặc biệt chú trọng những vùng mà trước đây có nhiều loài chim nước sinh sống như: Khu vực Điện Ngọc, Khu vực Bến Vơn, Khu vực khe Cung cấp...
- Quản lý chặc chẻ việc đốt nương làm rẫy của người dân vùng đệm sống trong khu vực, đặc biệt nghiêm cấm việc đốt nương làm rẫy trên những diện tích giáp với lòng hồ để giữ lại sinh cảnh sống và kiếm ăn vốn có của các loài chim nước.
- Hoạt động chăn thả gia súc tự do vào rừng thường gây ra những tiếng ồn làm mất đi môi trường sống hoang dã, làm biến đổi thành phần loài cây do sự tàn phá lớp cây tái sinh kế cận,... Vì vậy, cần thực hiện triệt để việc cấm việc chăn thả gia súc tự do vào rừng, đặc biệt là khu vực xung quanh lòng hồ và các khu vực trọng điểm phân bố của các loài Chim nước như: Khu vực Đông Thô, Khe tre, Điện Ngọc, khu vực Trạm Kiểm Đức Lương, Bến Vơn, Bến Tòm, khe Cung cấp...