Những năm gần đây, Phù Yên rất chú trọng công tác bồi dưỡng, nâng cao chất lượng giáo viên các bậc học, phối kết hợp với một số trường đại học,
cao đẳng tổ chức cho cán bộ giáo viên trong ngành đi học tập nâng cao trình độ quản lý và giảng dạy, tổ chức thi giáo viên dạy giỏi cấp huyện hàng năm.
- Thực hiện tốt việc huy động học sinh đến trường, đạt tỷ lệ cao ở các bậc học. Tỷ lệ huy động học sinh bậc mầm non: Đối với nhà trẻ đạt 16%; đối với mầm non đạt 82%. Bậc tiểu học, huy động trẻ tuổi 6 vào lớp một đạt 96,4%, bậc THCS học sinh tốt nghiệp đạt 99,1 %, bậc THPT học sinh lớp 9 vào lớp 10 đạt 70%. Chất lượng học sinh ngày một nâng lên, tỷ lệ học sinh khá giỏi đạt 42,6% bậc THCS đạt 20%, bậc THPT đạt 12%.
Hiện nay trên toàn huyện có 1.314 giáo viên, trong đó giáo viên tiểu học 585 người, THCS 270 người, THPT 48 người, với tổng số phòng học 724 phòng, được phân bố trên 46 trường trong đó tiểu học và trung học cơ sở 44 trường, THPT 2 trường.
Nhìn chung công tác giáo dục, đào tạo vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội, chất lượng giáo dục chưa cao, hệ thống trường lớp từ thôn bản, xã đến huyện đều thiếu cơ sở vật chất phục vụ việc dạy và học… Các phòng học cấp IV tiếp tục bị xuống cấp, số học sinh được vào học cấp THPT còn thấp, tỷ lệ học sinh đỗ các trường đại học, cao đẳng chiếm tỷ lệ không đáng kể .