Kết quả khảo sát, điều tra đa dạng sinh học từ năm 1998 đến năm 2004 đã thống kê được thành phần các loài động vật có tại Công ty lâm nghiệp Con Cuông như sau:
Trong đó có 42 loài thú lớn, 39 loài dơi và 51 loài thú nhỏ. Tiêu biểu là các loài Voi, Hổ, Khỉ đuôi lợn, Mang trường sơn...
+ Về Chim: Có 307 loài thuộc 47 họ và 13 bộ bao gồm cả chim bản địa và chim di cư. Tiêu biểu có các loài trĩ sao, Công, Gà lôi trắng, Gà tiền... Hai quần thể Trĩ sao và Hồng hoàng niệc cổ hung được xem có tầm quan trong cao mang tính quốc tế, và các quần thể của các loài khác như Diều cá bé cũng có thể có tầm quan trong bảo tồn quốc gia.
+ Về Lưỡng cư và bò sát: Tổng cộng có 88 loài. Cụ thể có: 33 loài lưỡng cư và 53 loài bò sát (trong đó có 16 loài rùa, 12 loài Tắc kè, Kỳ đà, 25 loài rắn). Tiêu biểu có các loài như Rùa Ba vạch, Rùa Núi viền, Rùa hộp trán vàng, rắn lục xanh, Rắn hổ chúa...
+ Về cá: Có 83 loài thuộc 56 chi, 19 họ. Nói đến khu hệ cá của khu vực nghiên cứu phải kể đến các loài: Cá Chình, Cá Lăng, Cá Ghé, Cá Mát, Cá Chép, Cá Bống, Cá Trê, Cá Lấu, Cá Chày, Cá Chuối, Cá Ngão.... Tiêu biểu có các loài: Cá Chình, Cá Lăng, Cá Mát, Cá Lấu...
+ Về Bướm: Tổng cộng có 399 loài bướm báo gồm: 305 loài bườm ngày, 94 loài bướm đêm (83 loài bướm sừng và 11 loài bướm Hoàng đế). Trong đó có 7 loài bướm ngày và 4 loài bướm đêm (bườm sừng) là những loài mới ở Việt Nam.
+ Về kiến: Bước đầu đã xác định được 78 loài thuộc 40 chi, 9 phân họ Kiến. Tuy nhiên, tên cụ thể của các loài kiến hiện đang chờ giám định.
Điều đặc biệt quan trọng là quần thể một số loài chi và thú thực sự có nguy cơ bị tiêu diệt ở Việt Nam và trên thế giới vẫn còn khả năng bảo tồn phát triển nếu được quản lý và bảo vệ tốt đó là các loài Voi, Hổ, Sao La, Mang Trường Sơn, Thỏ Vằn, Cầy Vằn, Gấu Chó, Gấu Ngựa, Trĩ Sao …