Nguyên tắc: Đây là phương pháp sử dụng để phân tích định tính cũng như định lượng của acid nucleic. Phương pháp điện di dựa vào cấu trúc của acid nucleic. Acid nucleic là đại phân tử tích điện âm đồng đều trên khắp bề mặt, khi nó ở trong điện trường nó sẽ chịu tác động của lực hút điện trường và di chuyển về phía cực dương của điện trường. Tính linh động của phân tử này phụ thuộc vào hai chỉ tiêu là trọng lượng phân tử của acid và nồng độ các chất cấu thành gel.
Các bước tiến hành điện di:
- Pha 1% agarose trong dung dịch TAE 1X, đun agarose tan hết, để nguội 50-60oC, đổ gel vào khuôn đã được đặt lược, để cho agarose đông lại.
- Nhấc lược ra, đặt bản gel vào bể điện di. Đổ đệm TAE 1X vào bể ngập bản gel 1÷2 mm.
- Tiến hành chạy điện di ở hiệu điện thế 100V. Sau khi băng điện di chạy được 2/3 bản gel thì dừng lại, nhấc bản gel ra nhuộm bằng Ethydium bromide nồng độ 2 µl/ml trong 10 phút.
- Lấy bản gel ra rửa lại bằng nước sạch sau đó soi gel trên máy để quan sát các băng DNA. Chụp ảnh dưới ánh sáng tia tử ngoại của máy soi gel.
Quá trình điện di có thể kéo dài hoặc trong một thời gian ngắn, nó phụ thuộc vào điện thế của thiết bị. Nếu điện thế ổn định 100 V thì thời gian điện di chỉ 25-30 phút, nhưng nếu điện thế thấp hơn 100 V thì thời gian điện di kéo dài hơn.
Thuốc nhuộm Ethydium bromide có tác dụng phát huỳnh quang dưới ánh sáng tia tử ngoại giúp cho việc hiện hình các băng rõ ràng hơn. Dung dịch đệm (Loading Dye) lại có tác dụng làm tăng trọng lượng riêng của acid nucleic, vì vậy nó sẽ kéo phân tử acid lắng xuống đáy giếng.