Tại 05 xã Khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé hiện nay đang tồn tại năm hình thức quản lý rừng chủ yếu đó là: Rừng do cộng đồng quản lý, rừng của hộ gia đình, rừng của công ty Cao su Mường Nhé, Rừng do Ủy ban nhân dân xã quản lý, rừng đặc dụng do Ban quản lý KBTTN Mường Nhé quản lý.
Rừng do cộng đồng, hộ gia đình quản lý: Các xã thuộc vùng đệm KBT hiện nay đã hoàn thành việc giao đất lâm nghiệp cho các tổ chức, hộ gia đình sử dụng lâu dài vào mục đích lâm nghiệp. Diện tích rừng và đất lâm nghiệp đã giao cho cộng đồng, hộ gia đình quản lý sử dụng là 10.514,93 ha.
Rừng do Công ty Cao su Mường Nhé quản lý: Hiện nay Công ty Cao su Mường Nhé được Nhà nước giao quản lý 760,18 ha đất lâm nghiệp.
Rừng do Ủy ban nhân dân xã quản lý (rừng phòng hộ 05 xã vùng đệm Khu bảo tồn): 2.385,14 ha
- Rừng đặc dụng do Ban quản lý KBTTN Mường Nhé quản lý với tổng diện tích là: 45.132,13 ha, trong đó: Diện tích đất có rừng là: 35.052,56 ha, diện tích đất chưa có rừng là: 10.079,57 ha. Trong đó:
+ Giao cho các nhóm hộ (cộng đồng bản), đơn vị nhận khoán bảo vệ rừng là: 28.946,11 ha
+ Đơn vị tự bảo vệ: 6.106,45 ha
Diện tích rừng phòng hộ chưa giao quản lý: 5.401,66 ha. Diện tích đất chưa có rừng là: 10.079,57 ha.
hiện tốt và có sự phối hợp cao giữa các tổ chức, cá nhân, cộng đồng và đơn vị. Kết quả trong năm 2019 đã tổ chức được 600 lượt tuần tra, kiểm tra trong lâm phần Khu bảo tồn với sự tham gia của 7.745 lượt người.
Trong quá trình tuần tra tổ công tác đã phát hiện và ngăn chặn 142 đối tượng vào Khu bảo tồn trái phép, thu được 03 khẩu súng tự chế cất giấu trong rừng đặc dụng, phát hiện 10 vụ vi phạm xảy ra trong lâm phần khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé, cứu hộ và tái thả thành công 01 cá thể Rùa Núi viền bị mắc bẫy, phát hiện 03 mốc (mốc 70;72;76) bị mưa lũ cuốn trôi hiện chưa tìm thấy, 03 cây gỗ lớn bị đổ do thời tiết mưa kèm theo gió mạnh.