Vườn Quốc gia Pù Mát chính thức được thành lập theo Quyết định số 174/2001/QĐ-TTg ngày 08 tháng 11 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ, nằm trên địa bàn 3 huyện Anh Sơn, Con Cuông, Tương Dương tỉnh Nghệ An, với diện tích 91.113 ha, trong đó phân khu bảo vệ nghiêm ngặt là 89.517 ha, phân khu phục hồi sinh thái là 1.569 ha. Để thực hiện mục tiêu bảo tồn tài nguyên thiên nhiên, bảo tồn đa dạng sinh học, phục vụ nghiên cứu khoa học,
tăng cường chức năng phòng hộ đầu nguồn, khai thác tiềm năng du lịch, góp phần phát triển - xã hội trên địa bàn.
Đến năm 2006 thực hiện Chỉ thị 38/2005/CP của Thủ tướng Chính phủ về quy hoạch lại 3 loại rừng, tỉnh Nghệ An đã tiến hành rà soát và có kết quả theo Quyết định số 482/QĐ.UBND.NN ngày 02/02/2007 của UBND tỉnh Nghệ An về việc về việc Phê duyệt kết quả rà soát Quy hoạch loại 3 loại rừng tỉnh Nghệ An. Diện tích đất lâm nghiệp giao cho BQL VQG Pù Mát quản lý là 94.804 ha, trong đó rừng đặc dụng là 92.789,6 ha, đất chưa có rừng là 1.670,2 ha, nằm trên địa bàn của 6 xã của 03 huyện Anh Sơn, Con Cuông và Tương Dương.
4.3.1.1 Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt (BVNN)
Diện tích 79.791,3 ha, bảo vệ nghiêm ngặt toàn bộ diện tích rừng trong phân khu với các hệ thực vật, hệ động vật và cảnh quan, nằm trên địa bàn các xã Phúc Sơn huyện Anh Sơn; xã Tam Quang huyện Tương Dương; xã Châu Khê và Môn Sơn huyện Con Cuông.
4.3.1.2 Phân khu phục hồi sinh thái (PHST)
Diện tích 10.097,0 ha, bảo vệ và thực hiện các biện pháp phục hồi hệ sinh thái, nằm trên địa bàn xã Lục Dạ và Môn Sơn huyện Con Cuông.
4.3.1.3 Phân khu Hành chính - Dịch vụ (HCDV)
Diện tích 4.916,1 ha, nằm trên địa bàn các xã Chi Khê, Lục Dạ và Môn Sơn huyện Con Cuông, trong đó: vườn thực vật 134,6 ha tại xã Chi Khê (bao gồm cả văn phòng); 1.115,2 ha diện tích đất rừng sản xuất và đất khác nằm ngoài ranh giới rừng đặc dụng.
4.3.1.4 Quy hoạch vùng đệm
Vù ng đê ̣m của khu bảo tồn bao gồ m 114 thôn, bản thuô ̣c 17 xã diê ̣n tích khoảng 86.000 ha (diê ̣n tích này không tính vào diê ̣n tích khu bảo tồn), nhằm tạo vành đai để hạn chế, ngăn chă ̣n những tác đô ̣ng có ha ̣i đến khu bảo tồn.
Bên cạnh đó đặc thù tại VQG Pù Mát còn có vùng đệm trong (do có 02 bản tộc người Đan Lai nằm gọn trong vùng lõi của vườn), tổng toàn bộ diện tích chiếm dụng của hai bản Đan Lai là 130 ha. Toàn bộ các hộ dân ở đây đều được xếp vào hộ nghèo. Hiện một con đường nhựa nối trung tâm xã Môn Sơn tới hai bản Đan Lai đang được thi công. Tổng cộng có 19,48ha chuyển đổi mục đích sử dụng đất. Sự hiện diện của các bản trong vùng lõi đã và đang ảnh hưởng lớn đến Vườn quốc gia và tính đa dạng sinh học ở đây. Con đường được nâng cấp này sẽ dẫn đến việc thay đổi và gián tiếp làm tăng dân số trong vùng lõi. Việc gia tăng dân số này cũng làm phát triển nhu cầu kinh tế cao hơn cùng với việc làm tăng áp lực cho nguồn tài nguyên của Vườn quốc gia.
4.3.1.5 Nhận xét chung về thực trạng quy hoạch ranh giới phân khu
- Việc quy hoạch các phân khu chức năng chưa rõ ràng về pháp lý và thực địa: phân khu BVNN và phân khu PHST chưa có cơ sở pháp lý vì trong phê duyệt các giai đoạn mới phê duyệt tổng diện tích mà chưa có sơ đồ, bản đồ kèm theo, chưa có hệ thống mốc phân khu; việc quy hoạch phân khu BVNN còn mang tính cơ học (quy hoạch liền khu, liền khoảnh …) chưa thật sự bám sát tiêu chí chất lượng nên không định hướng thực hiện được các tác động lâm sinh; vùng đệm chưa cụ thể địa danh, địa điểm.
- Trong phân khu BVNN củ a VQG còn mô ̣t số diện tích rừng có chất lượng thấp, rừng tre nứa và hỗn giao chiếm 5,6% diện tích, nhưng do nằm rãi rác ở giữa của khu BVNN nên vẫn quy hoạch vào trong phân khu BVNN.
- Trong phân khu PHST có một số diện tích rừng trung bình liền kề với ranh giới phân khu bảo vệ nghiêm ngặt thuộc đối tượng cần bảo tồn, trong quy hoạch cần đề nghị chuyển sang phân khu bảo vệ nghiêm ngặt để bảo vệ và gìn giữ.
- Phân khu DVHC: Hiện ta ̣i phân khu di ̣ch vu ̣ hành chính theo quy hoa ̣ch có 4.916,1 ha. Với quy mô hiện nay đáp ứng được nhu cầu phát triển dịch vụ,
du lịch, song một số diện tích ở khu văn phòng vườn và các trạm quản lý bảo vệ rừng nằm ngoài ranh giới VQG nên còn bất cập trong công tác quản lý bảo vệ rừng. Bên cạnh đó có một số diện tích nằm gần với vùng đệm trong (thuộc bản Cò Phạt và bản Búng) thường xuyên có sự xâm hại của người dân ở đây.