Từ khi thành lập VQG đến nay công tác nghiên cứu khoa học được phối kết hợp triển khai thường xuyên, điển hình là các công trình nghiên cứu của các tác giả như:
- Chương trình tổng điều tra đa dạng sinh học được tiến hành trong 2 năm 1998 và 1999. Đây là công sức và trí tuệ của 55 nhà khoa học trong nước và quốc tế và 17 cán bộ của VQG Pù Mát, kết quả đem lại là tổng hợp về số liệu ĐDSH của Vườn ở trên. Năm 2003 chương trình điều tra đa dạng thực vật tiếp tục được thực hiện cho quần thể thuộc khu vực núi đá vôi, do các chuyên gia của Đại học quốc gia Hà Nội thực hiện.
- Cứu hộ động vật hoang dã và thả vào rừng: Từ khi thành lập trung tâm cứu hộ động vật hoang dã đến nay đã nhận cứu hộ và thả vào rừng hàng ngàn cá thể của các loài thú, chim, bò sát. Các động vật này được tịch thu từ các hạt kiểm lâm trong tỉnh và các trạm QLBVR của vườn. Một số loài động vật quý hiếm đã được trung tâm cứu hộ đảm bảo sức khoẻ và thả về môi trường hoang dã đó là Chó sói lửa, Gấu chó, Gấu ngựa, Báo gấm, Trăn
- Lưu giữ bảo quản tiêu bản nhà bảo tàng: VQG Pù Mát là một trong số ít các VQG và Khu bảo tồn của Việt Nam có hệ thống nhà Bảo tàng có thể tham quan nghiên cứu và học tập được. Hiện nay số tiêu bản đang được lưu giữ tại bảo tàng gồm:
- Thực vật: Có 36 tủ bảo quản với 10.064 mẫu của 1.311 loài thuộc 144 họ
- Thú và bò sát: 21 mẫu tiêu bản nhồi bông.
- Bướm lưu giữ: 304 mẫu (198 mẫu bướm ngày; 106 mẫu bướm đêm) - Cá: 71 tiêu bản của 71 loài thuộc 17 họ 6 bộ (cá nước ngọt).
Ngoài việc điều tra bổ sung tiêu bản thực vật, Phòng Khoa học cũng đã phối hợp với Chuyên gia của Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Chuyên gia phân loại Kiến của Trường Đại học Kagoshima Nhật Bản điều tra khu hệ
kiến của Vườn Quốc gia. Kết quả đã thu thập được hơn 140 tiêu bản của 78 loài thuộc 40 chi, 9 phân họ Kiến có mặt tại VQG Pù Mát.
4.3.4.2 Đánh giá thực trạng công tác nghiên cứu khoa học
Công tác nghiên cứu khoa học là một trong những hoạt động được Vườn đặc biệt quan tâm nhằm nghiên cứu và tổng hợp được những đặc điểm nổi bật của VQG Pù Mát, nâng cao vai trò và giá trị đa dạng sinh học của Vườn.
Kết quả của các công trình nghiên cứu từ năm 1998 đến nay đã lập được danh lục của các loài thực vật, động vật, cây dược liệu, nghiên cứu các giải pháp quản lý rừng bền vững, quản lý rừng dựa vào cộng đồng.
Trong thời gian qua, tuy điều kiện kinh phí cấp cho nghiên cứu khoa học còn hạn chế nhưng Vườn đã tích cực xây dựng các đề tài nghiên cứu. Đội ngũ làm công tác khoa học của Vườn đã không ngừng trưởng thành về chuyên môn và năng lực nghiên cứu. Từ ban đầu phải hợp đồng các trường đại học, các trung tâm nghiên cứu thực hiện các đề tài nghiên cứu, đến nay đã từng bước vươn lên làm chủ đề tài, chủ động xây dựng dự án và tìm đối tác đầu tư trong và ngoài nước cũng như tổ chức thực hiện các đề tài nghiên cứu.
Tuy nhiên nguồn nhân lực dành cho công tác nghiên cứu còn thiếu, chưa đầy đủ cho các lĩnh vực nghiên cứu, chưa được đào tạo nâng cao và chuyên sâu. Nguồn kinh phí dành cho công tác nghiên cứu còn hạn chế.