Đặc trƣng của khu hệ thực vật rừng tại các tỉnh nghiên cứu mang tính chất điển hình của tập đoàn thực vật miền núi phía Bắc nƣớc ta. Hệ thực vật ở đây thuộc khu hệ thực vật bản địa Bắc Việt Nam và luồng di cƣ thực vật từ Nam Trung Hoa xuống với thảm thực vật rừng ẩm á nhiệt đới và nhiệt đới thƣờng xanh có hệ thực vật rừng tự nhiên phong phú, có giá trị cao về lâm sản, có tác dụng lớn trong việc phòng hộ và bảo vệ môi trƣờng. Cụ thể nhƣ sau:
* Khu vực lập ô định vị sô 11, 12, 13 tỉnh Cao Bằng
Theo hệ thống phân loại thảm thực vật rừng Việt Nam của Thái Văn Trừng thì thảm thực vật rừng ở khu vực lập ô định vị sinh thái rừng quốc gia tại tỉnh Cao Bằng thuộc Kiểu rừng kín thƣờng xanh mƣa ẩm nhiệt đới. Đây là kiểu thảm thực vật khá phổ biến trong vùng, rừng đã bị tác động và thành phần thực vật chủ yếu tham gia vào cấu trúc rừng nhƣ: Hoắc quang, Thẩu tấu, Cáng lò, Vối thuốc,… Dƣới tán rừng lớp cây tái sinh và thảm tƣơi khá phát triển, các loài cây tái sinh vẫn thể hiện bộ mặt của tầng cây cao.
* Khu vực lập ô định vị số 40, 41, 42 tỉnh Tuyên Quang
Theo hệ thống phân loại thảm thực vật rừng Việt Nam của Thái Văn Trừng thì thảm thực vật rừng ở khu vực lập ô định vị sinh thái rừng quốc gia tại tỉnh Tuyên Quang thuộc Kiểu Rừng kín thƣờng xanh, mƣa ẩm á nhiệt đới núi thấp. Thành phần thực vật chủ yếu tham gia vào cấu trúc rừng là: Kháo vàng, Sồi phảng, Côm trâu, Trâm sánh, Dung giấy, Gội nếp… đây là kiểu rừng rụng lá một phần vào mùa Đông, vỏ cây sù sì, có rêu bao phủ quanh năm.
* Khu vực lập ô định vị số 57, 58, 59 tỉnh Yên Bái
Theo hệ thống phân loại thảm thực vật rừng Việt Nam của Tiến sỹ Thái Văn Trừng thì thảm thực vật rừng ở khu vực lập ô định vị sinh thái rừng quốc gia tại tỉnh Yên Bái thuộc Kiểu rừng kín lá rộng thƣờng xanh mƣa, ẩm á nhiệt đới. Phân bố chủ yểu ở độ cao từ 700 đến 1500m đặc trƣng bởi thảm thực rừng gồm các loài lá rộng thƣờng xanh thuộc các họ nhƣ: Họ Long não (Lauraceae) họ Dẻ (Fagaceae), họ Ngọc
lan (Magnoliaceae), họ Đậu (Fabaceae), họ Trám (Burseraceae) họ Xoan (Meliaceae), họ Bồ hòn (Sapindaceae), họ Đay (Tiliaceae) và họ Cà phê (Rubiaceae). Ngoài cây lá rộng còn xuất hiện các loài cây lá kim nhƣ Thiết sam giả (Pseudotsuga Sinensis), Thiết sam núi đá (Tsuga chinensis), Thông nàng (Dacrycarpus imbricatus), Thông tre (Podocarpus neriifolius), Du sam núi đá (Keteleeria đaviiana).