Hoàn thuế GTGT điện tử là việc Ngân sách nhà nước trả lại cho các tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân đã mua hàng hóa số tiền thuế đã trả lúc mua hàng chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Lợi ích hoàn thuế điện tử:
Thứ nhất, tiết kiệm thời gian, công sức trong việc gửi đề nghị hoàn thuế, hồ sơ giải trình, tài liệu bổ sung trong quá trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng so với gửi đề nghị hoàn trực tiếp hoặc qua đường bưu chính: Người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc hồ sơ giải trình, tài liệu bổ sung trong quá trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng có thể thực hiện lập và gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Hai là, tiết kiệm thời gian, công sức trong việc nhận các thông báo/quyết định của cơ quan Thuế: Các thông báo/quyết định của cơ quan Thuế trong quá trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng được cơ quan Thuế gửi đến người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế giúp giảm bớt thời gian (so với gửi qua đường bưu chính) và công sức của người nộp thuế (người nộp thuế không cần đến cơ quan Thuế nhận).
Ba là, công khai, minh bạch việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng tại cơ quan Thuế: Quá trình giải quyết hoàn thuế tại cơ quan Thuế được cập nhật liên tục trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế giúp người nộp thuế biết tình trạng giải quyết hồ sơ hoàn thuế của mình.
Bốn là, giảm thiểu việc người nộp thuế phải tiếp xúc trực tiếp với cơ quan chức năng, qua đó nhằm giảm tiêu cực trong quá trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.