Hiện tại công ty đang áp dụng mô hình hệ thống kế toán tập trung. Ưu điểm của mô hình này là đảm bảo sự tập trung, thống nhất, chặt chẽ trong công tác kế toán và đặc biệt mô hình này thích hợp với doanh nghiệp hoạt động trên địa bàn
hẹp. Tuy nhiên, do đặc điểm của các CT, HMCT là không gần công ty và tiến tới trong tương lai sẽ tiến xa hơn vào các địa bàn các quận, tỉnh lân cận nên công tác kế toán cũng gặp khó khăn hơn. Đối với những CT, HMCT ở xa như vậy, công ty có thể cử nhân viên quản lý nhận nhiệm vụ giám sát các đội thi công công trình nhưng chỉ mang tính chất thống kê, ghi chép và không thể sát sao trong cả quá trình thi công. Thêm vào đó, định kỳ vào hàng tháng các chứng từ sẽ được đội trưởng tập hợp các chứng từ phát sinh trong tháng chuyển về phòng kế toán để hạch toán và theo dõi. Tuy nhiên, việc luân chuyển chứng từ được thực hiện mất nhiều thời gian hay thậm chí có thể làm thất lạc hoặc rách chứng từ trong quá trình chuyển về công ty. Điều này không những gây ảnh hưởng chất lượng thông tin mà còn ảnh hưởng đến bộ máy kế toán như khối lượng công việc sẽ bị dồn vào cuối mỗi tháng, quý gây áp lực cho nhân viên trong phòng, có thể dẫn dến chậm tiến độ hoàn thành BCTC hay gây khó khăn trong công tác kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của chứng từ.
Giải pháp đưa ra cho vấn đề về bộ máy kế toán này là công ty nên bổ sung kế toán vào những công trình, dự án lớn, đặc biệt là bố trí những kế toán có kinh nghiệm vào những phần hành kế toán phức tạp. Đối với nhưng công trình dự án lớn nên bố trí riêng một kế toán phụ trách cùng đội trưởng đội thi công để tập hợp chứng từ, hạch toán và tính giá thành. Điều này cũng có lợi ích trong việc giảm thiểu những trường hợp như độn giá nguyên vật liệu mua ngoài của cá nhân hoặc nhóm tổ chức. Và yêu cầu cần thiết cho giải pháp này thì đầu tiên cần có đội ngũ kế toán kinh nghiệm, chịu được áp lực, có khả năng bao quát, quản lý tốt đối với những công trình, dự án lớn. Ngoài ra, việc tổ chức kế toán riêng cho các dự án lớn cũng đảm bảo được tiến độ công việc, kịp thời cung cấp thông tin cần thiết để đưa những quyết định của ban quản trị cho tình hình hoạt động kinh doanh tại công ty.
Bên cạnh biện pháp tổ chức kế toán riêng cho từng công trình, dự án lớn mà công ty cũng có thể bố trí 1-2 kế toán viên chuyên giám sát về công trình. Kế toán viên này sẽ theo dõi đầy đủ các nghiệp vụ phát sinh của công trình rồi sẽ tập hợp chi phí chuyển về phòng kế toán để tiến hành tính toán giá thành sản phẩm.
Tùy thuộc vào điều kiện của công ty mà có thể chọn cách tổ chức kế toán riêng cho từng công trình hoặc bố trí kế toán cho các dự án lớn để có thể đạt được kết quả tốt nhất cho công ty.