Bên cạnh các thành tựu, kết quả tích cực đã thu được thì công tác kiểm tra thuế GTGT của CCT thành phố Hải Dương vẫn còn tồn tại một số hạn chế cần phải khắc phục như sau:
-Thứ nhất, việc lập kế hoạch kiểm tra thuế GTGT tuy đã được quan tâm, chú trọng nhưng vẫn chưa chi tiết, cụ thể đối với từng loại hình DN. Mỗi lĩnh vực, ngành nghề đều có các đặc thù, đặc trưng riêng khác biệt nhau, các loại hình DN khác nhau cũng dẫn đến có các hình thức gian lận khác nhau. Vì vậy, khi lên kế hoạch kiểm tra các công chức nên lập kế hoạch cụ thể riêng cho từng loại hình DN, từng ngành nghề kinh doanh.
-Thứ hai, chất lượng của các cuộc kiểm tra thuế GTGT còn chưa cao, nội dung kiểm tra đôi khi còn sơ sài, đại khái, mang tính hình thức. Tổng số hồ sơ mà CQT đề nghị điều chỉnh trong 3 năm qua là 23 hồ sơ và không thực hiện ấn định hồ sơ, ấn định tiền thuế của DN nào cả. Qua quá trình thực hiện kiểm tra, các cán bộ thuế đã phát hiện ra các sai sót của NNT nhưng trong nhiều trường hợp, CQT chỉ nhắc nhở, cảnh cáo chứ chưa phạt phạt tiền, phạt hành chính. Trong vòng 3 năm từ 2018 đến 2020, số tiền truy thu thuế GTGT và phạt hành chính bình quân chỉ đạt 25 triệu đồng/ cuộc. Số tiền này vẫn còn tương đối thấp so với số tiền thuế gian lận mà DN tự kê khai, tính nộp.
-Thứ ba, thời gian tiến hành một vài cuộc kiểm tra vẫn chưa được rút ngắn, vẫn còn bị kéo dài, chưa giảm bớt được sự phiền hà cho NNT.
-Thứ tư, số lượng hồ sơ thuế GTGT hàng năm kiểm tra được còn ở mức thấp: số lượng hồ sơ khai thuế GTGT đã kiểm tra chỉ chiếm 20% số lượng hồ sơ khai thuế GTGT mà các DN đã nộp, đặc biệt số lượng hồ sơ hoàn thuế GTGT được kiểm tra còn rất ít. Trong vòng 3 năm từ 2018 đến 2020, tổng số hồ sơ hoàn thuế GTGT mà đội kiểm tra đã kiểm tra là 20 hồ sơ.
-Thứ năm, số lượng công chức trong đội kiểm tra còn ít so với số lượng các DN trên thành phố Hải Dương do chi cục đang quản lý mặc dù hàng năm đều được chi cục bổ sung thêm nhân lực. Bình quân một cán bộ thuế sẽ phải kiểm tra gần 100 DN nên việc kiểm tra thuế GTGT đôi khi vẫn sơ sài, chưa được kỹ lưỡng, còn nhiều thiếu sót. Do hiện nay chi cục đang trực tiếp quản lý là 3.864 DN trong khi tổng số công chức thuế của 3 đội thuế chỉ là 39 người nên số lượng các cuộc kiểm tra thuế GTGT mỗi năm còn tương đối ít chỉ kiểm tra được khoảng 20% số lượng DN do CQT đang quản lý. Ngoài ra, ngành thuế là một ngành rất đặc thù, để hạn chế tình trạng tiêu cực, tham nhũng nên cứ khoảng từ 3 đến 5 năm các cán bộ kiểm tra sẽ được phân công đến các chi cục khác. Việc luân chuyển cán bộ kiểm tra thường xuyên sẽ gây ra một số khó khăn, bất cập đối với công tác kiểm tra thuế GTGT nói riêng và công tác kiểm tra thuế nói chung.
-Thứ sáu, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ, kinh nghiệm của một số cán bộ kiểm tra thuế vẫn còn có một vài thiếu sót đặc biệt là các cán bộ mới vào nghề, trẻ tuổi. Kiểm tra thuế là một công việc đòi hỏi các cán bộ kiểm tra phải có hiểu biết sâu rộng về nhiều lĩnh vực như kế toán, thuế, luật, .... Bên cạnh đó, các hành động gian lận nhằm mục đích trốn thuế của DN ngày càng phức tạp, tinh vi buộc các cán bộ kiểm tra phải có những hiểu biết toàn diện, kĩ năng phân tích BCTC của DN.Trong khi đó, tại chi cục vẫn có một vài công chức chưa có nhiều kiến thức về chế độ kế toán hiện hành; các nghiệp vụ, kĩ năng kiểm tra; hiểu biết về các quy định, quyết định về thuế còn rất hạn chế thậm chí có công chức kiểm tra còn không nắm rõ được các luật về thuế GTGT dẫn đến việc xử lý các vi phạm của DN nhưng không nêu ra được căn cứ pháp lý gây ra những cuộc tranh cãi giữa CQT và NNT, có trường hợp NNT còn khiếu nại về thuế. Sự thiếu sót trong trình độ chuyên môn, chưa thành thạo trong việc thực hiện nghiệp vụ làm cho cán bộ kiểm tra rất khó để phát hiện ra các thủ thuật gian lận đó, gây thất thoát tiền thuế cho NSNN, gây ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng của các
cuộc kiểm tra và đây cũng là một trong số các lý do làm cho thời gian của các cuộc kiểm tra bị kéo dài.
-Thứ bảy, chưa đầy đủ một số thông tin cần thiết về NNT trong hệ thống CSDL. CQT có nhiệm vụ phải đi thu thập thông tin của NNT để xây dựng một hệ thống thông tin về NNT. Tại CCT thành phố Hải Dương, tuy đã có hệ thống CSDL về NTT nhưng nội dung, thông tin, các chỉ tiêu về NNT trong hệ thống đó còn ít, còn sơ sài và bị hạn chế. Khi NNT thay đổi thông tin thì vẫn còn tình trạng chưa được cập nhật đầy đủ ngay, đôi khi một số những thông tin được sử dụng cho việc kiểm tra thuế GTGT còn bị thiếu vì chưa được cập nhật vào trong hệ thống. Ngoài ra, các DN hiện nay ngày càng có nhiều hành động gian lận rất tinh vi, phức tạp vì vậy CQT sẽ phải cần đến các thông tin sâu liên quan đến bí mật kinh doanh và các hoạt động của DN để phục vụ cho việc kiểm tra thuế GTGT được chính xác hơn. Tuy nhiên, phần lớn các DN vẫn còn e dè, ngại cung cấp các thông tin sâu mà CQT cần, một số DN có cung cấp thông tin nhưng thông tin đó không chính xác vì các DN sợ lộ các bí mật, bí quyết liên quan đến ngành nghề của mình.
-Thứ tám, CCT sau kiểm tra đã xử lý các hành vi gian lận, vi phạm về thuế của NNT nhưng chưa thực sự nghiêm khắc. Việc đôn đốc các DN thực hiện nghiêm chỉnh theo các quyết định xử lý sau kiểm tra của CCT vẫn chưa đem lại hiệu quả cao. Việc xử phạt nhẹ tay đối với các hành vi gian lận, sai trái của DN sẽ làm cho DN coi thường và tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối, sai trái của mình. Bên cạnh đó, đội kiểm tra tuy đã phối hợp với các cơ quan nhà nước khác như cục quản lý thị trường, cục thống kê, công an thành phố... trong quá trình kiểm tra các vụ mua bán hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp, làm giả hợp đồng thương mại. nhưng sự kết hợp đó vẫn còn lỏng lẻo, chưa thực sự chặt chẽ như công tác phối hợp điều tra, xử lý những trường hợp DN phá sản, DN bỏ trốn chưa thực sự triệt để, đem lại hiệu quả chưa cao; chưa chủ động đẩy mạnh công tác trao đổi thông tin, phối hợp xử lý vụ việc.