1.1.6.1 Kiểm tra về việc chấp hành tuân thủ các chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ của doanh nghiệp
Theo quy định của pháp luật Việt Nam, tất cả các doanh nghiệp, các tổ chức, cơ quan đoàn thể làm kinh tế đều phải chấp hành chế độ kế toán, thống kê theo quy định của Luật kế toán.
Khi tính số thuế phải nộp của NNT, ta phải dựa trên các loại hóa đơn, chứng từ và phương pháp kế toán mà doanh nghiệp đang áp dụng. Hơn nữa, hóa đơn, chứng từ còn liên quan đến số thuế GTGT được giảm, hoàn, khấu trừ. Hiểu được điều này nên
các doanh nghiệp hay làm giả, sử dụng các loại hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp; khi bán hàng hóa, dịch vụ cho khách hàng nhưng không xuất hóa đơn, ... để số thuế phải nộp ít đi. Chính vì vậy mà việc kiểm tra về chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ là việc cần thiết và nên tiến hành thường xuyên.
Nội dung của việc kiểm tra về chế độ kế toán là xem xét việc chấp hành Luật kế toán của doanh nghiệp; cách hạch toán, ghi chép sổ sách; đối chiếu hóa đơn, chứng từ với các nghiệp vụ được ghi lại trong sổ kế toán xem có ăn khớp với nhau, có nghiệp vụ nào bị bỏ sót không. Còn kiểm tra hóa đơn, chứng từ là xác định xem các loại hóa đơn bán hàng, phiếu xuất kho, chứng từ thu, chứng từ chi. có hợp pháp, hợp lệ, hợp lý theo quy định hay không.
1.1.6.2 Kiểm tra tình hình kê khai và hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của DN a, Nội dung kiểm tra tình hình kê khai thuế giá trị gia tăng
Là xác định sự chính xác, đầy đủ của nội dung trong tờ khai thuế GTGT của doanh nghiệp, đã nộp đúng thời hạn hồ sơ khai thuế GTGT đối với từng trường hợp: trường hợp kê khai theo tháng, quý hay chưa.
b, Nội dung kiểm tra hồ sơ khai thuế GTGT: *Kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ khai thuế:
Kiểm tra số lượng các hồ sơ, mẫu biểu theo quy định hiện hành: kiểm tra các hồ sơ khai thuế GTGT đối với NNT theo phương pháp khấu trừ bao gồm tờ khai thuế GTGT và các bảng kê kèm theo; hồ sơ khai thuế GTGT đối với NNT theo phương pháp trực tiếp bao gồm tờ khai và các phụ lục có liên quan; hồ sơ khai thuế đối với trường hợp chuyển đổi phương pháp tính thuế.
*Kiểm tra tính pháp lý của hồ sơ khai thuế GTGT:
Khi tiến hành kiểm tra tính pháp lý của hồ sơ khai thuế, cán bộ thuế phải xem xét hồ sơ có đảm bảo các yêu cầu sau đây hay không:
-Hồ sơ khai thuế phải đảm bảo đúng theo mẫu quy định của CQT: đối với phương pháp khấu trừ là tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT, đối với phương pháp khấu trừ là tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 04/GTGT.
-Hồ sơ phải được ghi đầy đủ các thông tin, chỉ tiêu theo quy định.
-Hồ sơ phải có chữ ký của người có thẩm quyền, được đóng dấu bởi cơ sở kinh doanh.
Trường hợp phát hiện hồ sơ thuế không đáp ứng được yêu cầu thì CQT yêu cầu NNT khắc phục sai sót và nộp bản thay thế. Thời điểm CQT nhận được bản thay thế được coi là thời điểm nộp hồ sơ thuế.
*Kiểm tra căn cứ tính thuế trong hồ sơ thuế GTGT: Nội dung kiểm tra các căn cứ tính thuế GTGT gồm: số lượng hàng hóa, dịch vụ đã bán ra; giá tính thuế GTGT; thuế GTGT đầu vào được khấu trừ trên các hóa đơn, chứng từ, các bảng kê...
1.1.6.3 Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng *Kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ:
Kiểm tra số lượng các văn bản tài liệu liên quan đến yêu cầu hoàn thuế, văn bản yêu cầu hoàn thuế như:
-Với dự án ODA cần giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào; quyết định của cấp có thẩm quyền về việc phê duyệt dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát (bản chụp có đóng dấu và chữ ký xác nhận của người có thẩm quyền của dự án cần thiết); xác nhận của cơ quan chủ quản dự án ODA về hình thức cung cấp dự án ODA.
-Với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá, dịch vụ có thuế GTGT ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo cần giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN; bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào; văn bản phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền (bản chụp có xác nhận của người nộp thuế), văn bản xác nhận của Bộ Tài chính hoặc Sở tài chính.
-Với hàng hóa xuất khẩu: cần giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN; tờ khai hải quan; chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng mua bán, gia công.
*Kiểm ta tính pháp lý của hồ sơ hoàn thuế GTGT:
Khi kiểm tra tính pháp lý của hồ sơ hoàn thuế GTGT, các cán bộ thuế cần xem xét một số khía cạnh sau đây:
-Hồ sơ hoàn thuế phải đảm bảo theo đúng mẫu theo quy định đã đề ra: đối với dự án ODA là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN mẫu 01/ĐNHT, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT; đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá, dịch vụ có thuế GTGT ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu 01/ĐNHT, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT; đối với hàng hóa xuất khẩu là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu 01/ĐNHT.
-Hồ sơ phải ghi đầy đủ các thông tin, chỉ tiêu theo đúng quy định.
-Hồ sơ phải có chữ ký của người có thẩm quyền, được đóng dấu bởi cơ sở kinh doanh.