Trước khi tách dòng và giải trình tự, sản phẩm PCR được làm sạch bằng bộ Kit Bioneer. Các bước làm sạch như sau:
Bước 1: Điện di các mẫu cần làm sạch trên gel agarose 1%, đệm TAE 1X. Bước 2: Cắt gel tại vị trí có băng DNA cho vào ống eppendorf và cân trọng lượng miếng gel.
Bước 3: Bổ sung dung dịch Buffer 1 với tỉ lệ 3:1 (VD: nếu trọng lượng miếng gel là 200mg thì ta phải thêm 600µl Buffer 1).
Bước 4: Tiến hành ủ ống eppendorf có chứa đoạn gel trên ở 60oC trong vòng 10 phút và trộn đều trong khi ủ cho gel tan hoàn toàn.
Bước 5: Sau khi gel đã tan hết, kiểm tra màu sắc của dung dịch có màu vàng là đạt yêu cầu. Nếu hỗn hợp có màu cam hoặc đỏ, bổ sung thêm 10µl sodium acetate 3M (CH3COONa), pH 5 và trộn đều thì dung dịch sẽ chuyển thành màu vàng.
Bước 6: Chuyển dung dịch sang cột và li tâm ở 13.000 vòng/phút trong 1 phút.
Bước 7: Chuyển cột sang ống mới, bổ sung 500µl dung dịch Buffer 2, ly tâm 13.000 vòng/phút trong 1 phút.
Bước 8: Lặp lại bước 7.
Bước 9: Làm khô bằng cách ly tâm 13.000 vòng/phút trong 1 phút để loại bỏ hoàn toàn cồn còn sót lại. Sau đó chuyển cột sang ống eppendorf 1,5ml mới.
Bước 10: Thêm 30µl dung dịch 3 vào cột để thôi DNA, để ở nhiệt độ phòng trong 1 phút.
Bước 11: Ly tâm 13.000 vòng/phút trong 1 phút để thu DNA. (Có thể thôi DNA lần thứ 2 để đạt hiệu suất cao nhất).
Sau khi làm sạch, sản phẩm PCR được điện di để kiểm tra độ tinh khiết trên gel agarose 1%, đệm TAE 1X.