Hàng năm, sau khi khoá sổ kế toán, bộ phận kế toán bệnh viện thực hiện lập các báo cáo kế toán bao gồm các báo cáo quyết toán và gửi lên cơ quan chủ quản là Cục Kế hoạch và Tài chính.
Theo quy định, giám đốc bệnh viện là ngƣời chịu trách nhiệm cá nhân trƣớc cơ quan chủ quản về quản lý tài chính trong bệnh viện về các nguồn thu cũng nhƣ các khoản chi của bệnh viện và phòng tài chính kế toán là bộ phận nghiệp vụ quan trọng chịu sự lãnh đạo trực tiếp của giám đốc bệnh viện.
Phòng tài chính kế toán chịu trách nhiệm trƣớc giám đốc và cơ quan tài chính cấp trên về toàn bộ hoạt động tài chính kế toán tại bệnh viện bao gồm việc lập và thực hiện dự toán thu – chi ngân sách, cấp phát và quản lý tài sản, vật tƣ, tổ chức và thực hiện các nghiệp vụ kế toán, báo cáo quyết toán và kiểm kê tài sản cũng nhƣ
phân tích hoạt động kinh tế tài chính của bệnhviện.
Hàng năm, cơ quan cấp trên mà cụ thể là Cục Kế hoạch và Tài chính của Bộ Công an cử cán bộ về đơn vị để thực hiện việc kiểm tra, giám sát công tác quản lý tài chính thông qua báo cáo tài chính của đơn vị…
Báo cáo tài chính đóng vai trò quan trọng trong việc cung cấp thông tin kế toán cho các đối tƣợng quan tâm. Thông qua báo cáo tài chính sẽ trình bày một cách tổng quát, toàn diện tình hình tài sản, tình hình thu, chi của đơn vị. Trên thực tế hiện nay đơn vị chỉ mới tập trung cho việc lập báo cáo tài chính theo yêu cầu của đơn vị chủ quản. Thông tin đƣợc cung cấp trên hệ thống báo cáo kế toán hiện tại của đơn vị bao gồm hai loại thông tin: Thông tin thuộc lĩnh vực kế toán tài chính nhƣ tài sản, nợ phải trả, thu nhập, chi phí..; Thông tin thuộc lĩnh vực kế toán quản trị nhƣ đối chiếu giữa thực hiện và dự toán. Tuy nhiên, thông tin đƣợc cung cấp tại đơn vị chủ yếu để cung cấp cho các nhà quản lý cấp trên chứ chƣa nhằm mục đích quản trị tại đơn vị, chƣa đi sâu vào thuyết minh, phân tích tình hình sử dụng kinh phí, tình hình thu chi của đơn vị. Điều này đã gây bất lợi và ảnh hƣởng không nhỏ tới việc hoạch định chính sách và ra quyết định của ban giám đốc.
Nhìn chung, hầu hết các báo cáo kế toán bệnh viện đã thực hiện theo đúng hƣớng dẫn của Quyết định số 19/QĐ-BTC ngày 30/3/2006. Việc lập, nộp và công khai báo cáo tài chính đúng theo mẫu biểu quy định, đảm bảo nội dung, phƣơng pháp lập tạo điều kiện cho công tác thẩm định, kiểm tra. Về cơ bản, hệ thống báo cáo hiện nay đã đƣợc sửa đổi theo hƣớng đơn giản hơn về biểu mẫu và phƣơng pháp lập tạo điều kiện thuận lợi cho đơn vị trong việc thực hiện công tác quyết toán tài chính ở đơn vịmình.
Việc lập báo cáo tài chính của đơn vị còn một số vƣớng mắc nhự không chú trọng và đầu tƣ công sức cho việc lập báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán. Mặc dù các báo cáo đƣợc lập theo mẫu quy định, đúng, đủ về số lƣợng, tuy nhiên, việc chƣa quan tâm đến mặt chất lƣợng báo cáo đã ảnh hƣởng đến công tác quản lý điều hành hoạt động của bệnh viện.
thì yêu cầu đối với báo cáo của đơn vị không những đòi hỏi về chất lƣợng mà cả về số lƣợng và cũng phải tăng lên để phục vụ cho quyết toán ngân sách và báo cáo tài chính của đơn vị cung cấp thông tin cần thiết cho nhà quản trị của đơn vị mình.