Do Văn Miếu - Quốc Tử Giám là di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật quốc gia đặc biệt nên việc xây dựng quy hoạch, kế hoạch bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích cũng như tổ chức hoạt động du lịch được quy định bởi cấp cao nhất là Thủ tướng Chính phủ. Ngày 19/4/2019, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định số 430/QĐ-TTg phê duyệt nhiệm vụ quy hoạch bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật quốc gia đặc biệt Văn Miếu - Quốc Tử Giám. Quy hoạch Văn Miếu được phê duyệt được coi như một cột mốc đặc biệt để di sản văn hóa quốc gia đặc biệt này sẽ có một sự khởi tồn, phát huy theo hướng lâu dài.
Trong quy hoạch có nhấn mạnh “Phát huy giá trị khu di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám, để khu di tích trở thành điểm du lịch lịch sử - văn hóa hấp dẫn, kết nối với các di tích, điểm du lịch khác của thành phố Hà Nội để tạo thành chuỗi sản phẩm du lịch phong phú, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của thành phố Hà Nội”.
- Công tác kiểm kê, phân loại, xếp hạng di tích: Việc xếp hạng di tích được quan tâm thường xuyên, đúng quy trình và ngày càng đồng bộ giữa các bộ phận lập hồ sơ khoa học và hồ sơ pháp lý. Việc đánh giá hiện trạng khu vực bảo vệ di tích do cơ quan chuyên môn thực hiện và tiến hành việc xác định ranh giới, vị trí các điểm mốc ngay trên bản đồ. Đến tháng 1/2010, khi Luật Di sản bổ sung sửa đổi có hiệu lực thi hành, thì việc lập hồ sơ pháp lý cho di tích xếp hạng được thực hiện cả việc cắm mốc giới trước khi trình cấp có thẩm quyền xem xét ra quyết định công nhận. Việc kiểm kê di tích do Hà Nội thực hiện từ năm 2005. Hiện nay, để có được những thông tin cơ bản nhất về tổng thể hệ thống di tích trên địa bàn toàn thành phố, Sở VHTT&DL đã có văn bản trình Thành phố chấp thuận chủ trương thực hiện việc “Tổng kiểm kê, đánh giá, phân loại hiện trạng hệ thống di tích trên địa bàn Hà Nội”; Từ khi có Luật Di sản văn hoá các di tích được xếp hạng đều được áp dụng nội dung khoanh vùng đúng như quy định trong Luật. Dựa trên quy định của Luật, hồ sơ lưu giữ và thực tế của di tích, Sở VHTT&DL cũng đã tham mưu với Thành phố việc điều chỉnh khoanh vùng cho một số di tích đã xếp hạng trước đây nhằm nâng cao hiệu quả quản lý trong đó có Văn Miếu – Quốc Tử Giám.
- Công tác tu bổ tôn tạo di tích: Những năm gần đây, các nguồn kinh phí và kinh phí đầu tư cho công tác tu bổ tôn tạo di tích lớn hơn nhiều so với những năm trước đây. Nguyên nhân là do Thành phố tập trung đầu tư tương đối đồng bộ cho các di tích trọng điểm, nhằm thu hút và giới thiệu giá trị di sản văn hoá Thủ đô với khách tham quan trong và ngoài nước trong dịp kỷ niệm 1000 Thăng Long-Hà Nội; đối với quận huyện, thì địa phương nào cũng muốn dành và ưu tiên kinh phí đầu tư tu bổ cho một (hoặc một số) di tích để làm công trình gắn biển trên địa bàn trong dịp kỷ niệm; đối với nguồn huy động, do bản thân ý thức, nhận thức người dân, một số doanh nghiệp trên địa bàn trong việc bảo vệ di sản tăng lên rất nhiều so với trước đây, đồng
thời đời sống vật chất, văn hoá tinh thần của nhân dân ngày càng cao...do vậy, các tổ chức, cá nhân có điều kiện đều muốn đóng góp công, của để thoả mãn nhu cầu tín ngưỡng và tâm linh của mỗi người.
- Công tác phát huy giá trị di tích: Hiện nay, công tác này được các cấp quan tâm, thể hiện trên các mặt: tổ chức tập huấn Luật di sản văn hoá cho các đối tượng liên quan đến việc quản lý và trực tiếp bảo vệ di tích; tổ chức viết sách giới thiệu di tích, tổ chức các hội thảo khoa học phục vụ công tác truyên truyền hoặc công tác tu bổ tôn tạo di tích; tổ chức kiểm kê khoa học cho các hiện vật có trong di tích do Ban quản lý di tích Danh thắng trực tiếp quản lý và hướng dẫn, phối hợp thực hiện đối với các di tích đã xếp hạng; tổ chức in tờ gấp giới thiệu di tích; tuyên truyền, giới thiệu di tích trên các phương tiện thông tin đại chúng; đón tiếp khách tham quan; củng cố Ban quản lý di tích ở cơ sở.
Ngay sau khi thành lập (năm 1988), Trung tâm Hoạt động VHKH Văn Miếu - Quốc Tử Giám đã chủ động nghiên cứu, tìm tòi và áp dụng nhiều giải pháp hiệu quả để quản lý, bảo tồn Di tích và tổ chức các hoạt động văn hóa, khoa học, phục vụ khách tham quan du lịch. Việc tổ chức hoạt động du lịch được thực hiện đều đặn hàng ngày theo một lịch trình đã được thông báo trước. Kế hoạch tổ chức hoạt động du lịch thông thường gần như không thay đổi hàng năm.
Trong bối cảnh toàn cầu hóa hiện nay, công tác bảo tồn và phát huy giá trị cũng như tổ chức quản lý du lịch ở Di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám đang đứng trước nhiều nguy cơ, thách thức. Chính vì vậy, từ năm 2017, Trung tâm Hoạt động VHKH Văn Miếu - Quốc Tử Giám đã trở thành đơn vị tự chủ. Việc tổ chức hoạt động du lịch được thực hiện theo quy chế do Trung tâm đặt ra về tổ chức các hoạt động văn hóa, liên doanh, liên kết, nhận tài trợ, đúng pháp luật và thúc đẩy tiến độ xây dựng Quy hoạch tổng thể Di tích để tạo hành lang pháp lý và cơ sở hạ tầng cho công tác này.
Việc tổ chức các hoạt động văn hóa phong phú về loại hình, độc đáo về tính chất, đầy màu sắc truyền thống, năng động và nhộn nhịp, có khả năng hòa nhập giữa cái cũ và cái mới, giữa truyền thống với hiện đại… chính là giải pháp tốt nhất
để bảo tồn và phát huy giá trị của Di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám trong cuộc sống đương đại và góp phần gìn giữ “Một Thăng Long văn hiến” trong lòng “Một Hà Nội văn minh, hiện đại” cho hôm nay và mai sau. Nên ngoài hoạt động tổ chức du lịch thông thường, Trung tâm còn lên kế hoạch tổ chức các sự kiện tại Văn Miếu – Quốc Tử Giám hàng năm hoặc theo từng quý/tháng. Cụ thể, Trung tâm đã phối hợp với nhiều đơn vị nghiên cứu, văn hóa giáo dục, du lịch… khác trong nước và quốc tế tổ chức hàng trăm sự kiện văn hóa có ý nghĩa, được giới chuyên môn đánh giá cao như: Ngày hội đọc sách, Ngày thơ Việt Nam, Lễ phong hàm Giáo sư, Tuyên dương Thủ khoa, Khen thưởng học sinh giỏi, Trao bằng tốt nghiệp đại học, thạc sĩ, Cuộc thi Trạng nguyên nhỏ tuổi, Triển lãm về tài liệu lưu trữ, Ảnh nghệ thuật, Lớp học Hán - Nôm, Triển lãm thư pháp Việt Nam, Nhật Bản, Triển lãm cây cảnh - đá quí, Gốm Bát Tràng… Tất cả những hoạt động này đều được lập kế hoạch rõ ràng, phối hợp với nhiều cơ quan chức năng để cùng tổ chức.
Có thể thấy, công tác lập kế hoạch tổ chức, quản lý các hoạt động du lịch, văn hoá ở di tích Văn Miếu – Quốc Tử Giám được thực hiện rất kỹ lưỡng. Thông thường được thực hiện ở Trung tâm Hoạt động VHKH Văn Miếu - Quốc Tử Giám, có sự phối hợp với các bên liên quan. Các bản kế hoạch này tuỳ theo mức độ quy mô mà phải được các cấp có thẩm quyền tương ứng phê duyệt, quyết định.