F-ATPase là enzyme liên kết màng, có vai trò vận chuyển proton tạo ra sự cân bằng pH cho tế bào. Enzyme này có chứa các tiểu đơn vị liên quan đến việc cung cấp ATP cho hệ thống bơm proton qua màng và trực tiếp tạo ra ATP thông qua quá trình hô hấp của tế bào. Hệ thống bơm proton qua màng nhờ lực đẩy proton (proton-motive force) giúp thúc đẩy quá trình bơm proton từ tế bào chất ra ngoài, nhờ đó duy trì sự ổn định của pH nội bào (pHi) [16], [17], [18].
F-ATPase bao gồm 8 tiểu đơn vị, tồn tại như một tổ hợp protein liên kết với màng, có khả năng kết hợp giữa việc sản xuất ATP và vận chuyển proton [18]. Tổ hợp F0 nằm trên màng tế bào có hoạt tính vận chuyển proton bao gồm các tiểu đơn vị a, c, b. Các tổ hợp F1 liên kết với nhau theo kiểu vòng tròn bao gồm các tiểu đơn vị α, β, γ, δ và ε.F-ATPase có hoạt tính khi F1 được giải phóng khỏi màng, lúc này nó xúc tác cho quá trình vận chuyển proton kết hợp với sự sinh tổng hợp hay phân huỷ ATP. Một điều thú vị là pH tối thích của các tiểu đơn vị F1 là giống nhau, chỉ khác nhau đáng kể ở phần liên kết với F0 [14].
Không giống các vi khuẩn đường ruột có pH nội sinh (pHi) ổn định,
streptococcus có pHi thay đổi theo môi trường bên ngoài và phụ thuộc vào F- ATPase để bơm proton ra khỏi tế bào [17]. Sự khác nhau về khả năng chịu acid của các loài vi khuẩn sinh acid xoang miệng liên quan đến khả năng thấm proton. Quivey và cs [49] đã chứng minh được khả năng thực hiện đường phân và chống chịu acid của các chủng S. mutans, S. salivarius và S. sanguis phụ
thuộc chủ yếu vào việc loại proton khỏi tế bào chất nhờ F-ATPase. Các thí nghiệm với các chất kìm hãm ATPase như dicycloaxylcarbodiamide (DCCD) cho thấy sự giảm hoạt tính enzyme F-ATPase đã làm tăng tính thấm proton [54]. Như vậy, dòng proton đi vào tế bào ở pH thấp bị loại trừ nhờ bơm proton phụ thuộc ATP nằm trên màng. Giá trị pH mà tại đó khả năng thấm proton là thấp nhất khác nhau ở các loài, ví dụ S. mutans (pH 5,0); S. salivarius (pH 6,0) và
cho các loài này là 6,0; 7,0; và 8,0. Điều này phản ánh tính chống chịu acid của các vi khuẩn này và cho thấy tầm quan trọng của F-ATPase trong việc chống lại stress ở pH thấp.
Vi khuẩn Streptococcus không có chuỗi hô hấp nên không có khả năng sử dụng phức hệ F1-F0 để tổng hợp ATP thông qua con đuờng phosphoryl hoá-oxy hóa [37]. Do đó, vai trò duy nhất của phức hệ trong các vi khuẩn này là bơm H+
ra ngoài để thiết lập trạng thái cân bằng pH. Tầm quan trọng của phức hệ F1-F0
đã được chứng minh bằng việc tạo ra các đột biến nhạy cảm acid ở pH 6,0 do bị thiếu hụt phức hợp này [37]. Rõ ràng khả năng tạo ATP nhờ F-ATPase ở pH thấp có ý nghĩa cơ bản cho sự sống sót của vi khuẩn ở pH thấp cho đến khi pH môi trường tăng lên [28].