Tán sỏi nội soi là một can thiệp ít xâm hại, tuy nhiên vẫn có các tai biến và biến chứng. Các biến chứng của tai biến có thể là tổn thương niệu quản với mức độ khác nhau, chảy máu hay nhiễm khuẩn tiết niệu. Tùy vào mức độ nặng nhẹ của tổn thương mà có cách xử lý khác nhau như đặt ống thông niệu quản hay đặt ống thông JJ hay mổ mở xử lý thương tổn.
Kết quả nghiên cứu ghi nhận, tất cả các trường hợp đều có nước tiểu hồng sau tán sỏi và thường hết sau 2 ngày điều trị, không có trường hợp nào cần phải truyền máu. Kết quả cũng ghi nhận 3 trường hợp có sốt sau tán sỏi nội soi, có 13 trường hợp có cơn đau quặn thận chiếm 11,4% và hết sau 2 ngày điều trị.
Các tổn thương niệu quản có thể là trầy xước niêm mạc niệu quản, mất niêm mạc niệu quản, thủng niệu quản hay đứt niệu quản. Theo nghiên cứu của chúng tôi, không trường hợp nào thủng hay đứt niêm mạc niệu quản. Theo nghiên cứu của Nguyễn Minh Quang (2003) gặp biến chứng này là 0,9% [29], theo Vũ Hồng Thịnh (2005), tỷ lệ biến chứng thủng niệu quản là 0,67% [36].
Theo Harmon, sau tán sỏi nội soi, việc đặt ống thông niệu quản nhằm mục đích giảm đau, ngăn ngừa các biến chứng tắc nghẽn do phù nề niêm mạc niệu quản và các biến chứng do quá trình tán sỏi gây ra. Ngoài ra việc đặt thông niệu quản còn giúp bệnh nhân tránh được cơn đau quặn thận sau tán sỏi do mảnh vụn rơi xuống hoặc phù nề niêm mạc niệu quản gây tắc nghẽn. Đồng thời do có ống thông niệu quản, niệu quản giãn ra tạo điều kiện cho những mảnh sỏi vụn còn sót lại trong niệu quản có thể trôi ra ngoài theo dòng nước tiểu [58].
Theo nghiên cứu của chúng tôi 100% bệnh nhân được đặt thông niệu quản và ống thông JJ. Việc đặt ống thông JJ và ống thông niệu quản làm giảm bế tắc niệu quản, phục hồi chức năng thận, phòng ngừa cơn đau quặn thận, thúc đẩy quá trình liền sẹo của niệu quản và giảm tỷ lệ hẹp niệu quản về sau.