Số lượng khách hàng của Công ty ngày càng nhiều, áp lực công việc và thời gian có phần nào làm ảnh hưởng tới chất lượng cuộc kiểm toán nhất là trong mùa kiểm toán.
Ngoài ra, khách hàng của công ty khá đa dạng, hoạt động trong nhiều lĩnh vực khác nhau công ty sản xuất, doanh nghiệp thương mại và cung cấp dịch vụ. Tại Công ty TNHH Kiểm toán và Giải pháp Công nghệ thông tin Đại Nam, nhân lực vẫn chưa được đào tạo theo hướng chuyên môn hoá theo từng loại hình doanh nghiệp, KTV chỉ được đào tạo theo hướng chung đại trà do đó việc kiểm toán phụ thuộc vào trình độ chuyên môn của từng người. Vì vậy, đôi khi do chưa quen lĩnh vực kinh doanh của khách hàng nên dẫn đến khó khăn cho KTV trong việc hoàn thành công việc được giao, nhất là các KTV còn ít kinh nghiệm.
Mặc dù quy trình kiểm toán của công ty là khá hoàn thiện, đầy đủ các bước theo quy định của chuẩn mực kiểm toán Việt Nam, nhưng do hạn chế về thời lượng và chi phí kiểm toán nên hầu hết các cuộc kiểm toán giai đoạn chuẩn bị kiểm toán thực hiện không đầy đủ, chỉ thực hiện kĩ ở một số khách hàng khi BGĐ đánh giá có rủi ro cao. Điều này có thể làm gia tăng rủi ro kiểm toán, làm gia tăng rủi ro về mặt pháp lý cho công ty.
Phần lớn khách hàng của Công ty hiện nay đều áp dụng kế toán máy trong hạch toán các nghiệp vụ kế toán. Điều này sẽ làm giảm các rủi ro sai sót do tính toán thủ công như trước đây. Tuy nhiên, nếu có những gian lận mang tính hệ thống và cố tình thay đổi phần mềm hoặc có những sai sót trong quá trình sửa chữa phần mềm thì nếu KTV không kiểm soát được sẽ làm tăng rủi ro kiểm toán.
Ở giai đoạn hoàn thành kiểm toán: Việc lưu trữ hồ sơ bằng “file mềm” còn gặp nhiều khó khăn, sai sót. Do công ty không có bộ phận IT chuyên biệt để đảm bảo chất lượng việc lưu trữ dữ liệu, cũng như đảm bảo tính bảo mật, phân cấp truy cập dữ liệu. Công tác kiểm tra hệ thống kiểm soát nội bộ của đơn vị khách hàng không được chú trọng nhiều, phần lớn chỉ dừng lại ở khâu đánh giá chung toàn công ty, chưa đi sâu vào từng chu trình cụ thể, tức là các thử nghiệm kiểm soát thường ít được thực hiện, chỉ tập trung vào các thử nghiệm cơ bản.