Từ cỏc đặc điểm hỡnh thỏi và nuụi cấy nờu trờn dựa trờn khúa phõn loại của ISP, của Gauze và cộng sự chỳng tụi đó phõn loại chủng TB10.2 thuộc dưới loài Streptomyces padanus, để khẳng định lại kết quả trờn phõn loại bằng phương phỏp sinh học phõn tử dựa trờn độ tương đồng của đoạn gen 16S rRNA của chủng này với cỏc chủng xạ khuẩn trờn ngõn hàng gene quốc tế từ đú cú thờm căn cứ để phõn loại.
Để xỏc định trỡnh tự đoạn gene mó húa 16S rRNA của chủng xạ khuẩn TB.10.2 chỳng tụi đó tiến hành cỏc bước nghiờn cứu như đó nờu ở 2.2.4 và thu được kết quả sau:
Hỡnh 3.10. Điện di DNA của chủng TB10.2 sau khi tỏch từ kit QIAamp DNA Mini Kit
DNA tổng số của chủng xạ khuẩn TB 10.2 được tỏch chiết theo Kit của hóng QIAamp DNA Mini Kit cú cải tiến đó được trỡnh bày ở mục 2.2.4.1. DNA tổng số được điện di kiểm tra trờn gel agarose 1% phổ điện di thu được thể hiện trờn hỡnh 3.10 cho thấy DNA hàm lượng đủ lớn, để cú thể sử dụng để nhõn gene bằng phản ứng PCR.
DNA tổng số được sử dụng làm khuụn để xỏc định trỡnh tự gen 16S rRNA với căp mồi 27F và 1492R khuếch đại đoạn gen ~1500bp. Kết quả thu được như sau:
Hỡnh 3.11. Điện di sản phẩm PCR gen 16S rRNA của chủng TB10.2 Giếng 1: TB10.2; Giếng 2: marker
Từ hỡnh 3.11 cho thấy sản phẩm của phản ứng PCR chỉ thu được một băng cú kớch thước ~1500bp điều này hoàn toàn đỳng với tớnh toỏn lý thuyết. Vỡ vậy, phản ứng PCR được thực hiện lại với thể tớch lớn để tinh sạch với bộ kit AccuPrep gel purification theo quy trỡnh của nhà sản xuất.
Gene mó húa 16S rRNA của chủng TB10.2 được giải trỡnh tự trực tiếp từ sản phẩm PCR với cặp mồi như đó dựng nhõn đoạn gene đú từ DNA tổng số trờn mỏy đọc trỡnh tự tự động ABI PRISM 3100. Sau khi phõn tớch và xử lý số liệu, trỡnh tự đoạn gene 16S rRNA của chủng dược so sỏnh với cỏc chuỗi
1500
rRNA 16S đó được cụng bố trờn ngõn hàng gene quốc tế bằng chương trỡnh BLAST. Bảng 3.14. so sỏnh trỡnh tự 16S rRNA của chủng TB10.2 trờn ngõn hàng gen quốc tế Description Max score Total score Query cover E value Max ident Accession
Streptomyces padanus 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence 2791 2791 100% 0.0 99% AF455813.1 Streptomyces sp. 2482 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence 2785 2785 99% 0.0 99% EU864311.1 Streptomyces sp. P127 16S ribosomal RNA
gene, complete sequence 2785 2785 99% 0.0 99% EU797798.1 Streptomyces sp. MD1 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence 2780 2780 99% 0.0 99% HM641908.1 Streptomyces sp. NRRL 30562 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence 2736 2736 98% 0.0 99% AY127079.1 Streptomyces sp. TP-A0274 gene for 16S
rRNA, partial sequence 2732 2732 97% 0.0 99% AB088069.1 Streptomyces costaricanus strain NBRC
100773 16S ribosomal RNA, partial sequence 2717 2717 97% 0.0 99% NR_041414.1 Streptomyces graminearus gene for 16S
rRNA, partial sequence, strain: NBRC 15420 2710 2710 97% 0.0 99% AB184667.1 Streptomyces griseofuscus strain NBRC
12870 16S ribosomal RNA, partial sequence 2710 2710 97% 0.0 99% NR_041084.1 Streptomyces murinus strain NBRC 12799
16S ribosomal RNA, partial sequence 2710 2710 97% 0.0 99% NR_041072.1 Streptomyces griseofuscus 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence 2708 2708 97% 0.0 99% AY207605.1 Streptomyces sp. WZ1-5019 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence 2700 2700 97% 0.0 99% HQ456134.1 Streptomyces sp. MV2 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence 2697 2697 96% 0.0 99% GU220453.1 Bacterium TOPO-cloneB 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence 2695 2695 97% 0.0 99% HM243131.1 Streptomyces griseofuscus strain LS-H1 16S
ribosomal RNA gene, partial sequence 2691 2691 97% 0.0 99% GU138373.1 Streptomyces murinus gene for 16S rRNA,
partial sequence, strain: NBRC 14802 2686 2686 96% 0.0 99% AB184622.1 Kết quả so sỏnh trỡnh tự gene 16rRNA cho thấy trỡnh tự 16S rRNA của chủng TB10.2 cú độ tương đồng 99% với một số dưới loài thuộc chi
Streptomyces như Streptomyces padanus AF455813.1, Streptomyces graminearus AB184667.1, Streptomyces murinus NR_041072.1…Vỡ võy,
chỳng tụi tiến hành dựng cõy phõn loại để xỏc định chủng TB10.2 thuộc dưới loài nào.
Hỡnh 3.12. Cõy phỏt sinh chủng loại của chủng TB10.2
Từ cõy phỏt sinh chủng loại nhận thấy chủng TB10.2 cú quan hệ gần gũi nhất với chủng S. padanus. điều này hoàn toàn hợp lý với khúa phõn loại cổ điển của ISP hoặc Gauze và cộng sự khi dựa vào đặc điểm nuụi cấy và đặc điểm hỡnh thỏi. Từ đú chỳng tụi đưa ra kết luận cuối cựng chủng TB10.2 thuộc loài Streptomyces padanus và cú tờn là Streptomyces padanus TB10.2. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
Hiện nay, trờn thế giới một số cỏc chủng xạ khuẩn thuộc loài
Streptomyces padanus cú khả năng sinh chất khỏng sinh đó được cụng bố. Theo Waksman, cỏc xạ khuẩn thuộc loài Streptomyces padanus cú khả năng sinh chất khỏng sinh etabetacin hoạt phổ rộng ức chế cỏc vi sinh vật thụng qua ức chế tổng hợp vật chất di truyền của chỳng. Ngoài ra, đõy cũng là khỏng sinh đầu tiờn cho thấy cú hoạt tớnh diệt tế bào ung thư.