Bên cạnh kết quả đạt được, các HTX NN trên địa bàn huyện Hoài Đức còn bộc lộ nhiều tồn tại nhiều hạn chế, yếu kém đó là:
- Một là, việc triển khai thực hiện các chủ trương và chính sách, nghị quyết của Đảng, Nhà nước về kinh tế hợp tác, HTX vẫn còn chậm, nhất là các cơ chế, chính sách hỗ trợ cho kinh tế hợp tác, HTX phát triển ở huyện trong thời gian qua chưa thực sự được chú trọng. Vì vậy, phần lớn HTX của huyện có quy mô còn nhỏ, cơ sở vật chất nghèo nàn (25% số HTX chưa có văn phòng làm việc riêng), trình độ kỹ thuật, máy móc thiết bị lạc hậu, sản phẩm hàng hóa dịch vụ chưa đa dạng, chất lượng chưa cao, lợi ích kinh tế – xã hội cho thành viên và người lao động còn thấp; vị thế của kinh tế tập thể nhìn chung còn thấp trong nền kinh tế nhiều thành phần. Một số HTX NN của huyện được củng cố về mặt tổ chức, nhưng chưa thật sự đổi mới được nội dung hoạt động do năng lực, trình độ của cán bộ quản lý hạn chế (trong số 209 cán bộ quản lý chỉ có 4% có trình độ đại học và cao đẳng; còn lại có trình độ trung cấp; đa số chưa qua đào tạo chuyên môn), không đáp ứng được yêu cầu của cơ chế thị trường, vốn góp tối thiểu thấp. Số HTX NN trung bình và yếu kém chiếm tỷ trọng còn cao (khoảng 49%).
- Hai là, năng lực của đội ngũ cán bộ quản lý HTX chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới. Việc thu hút, đào tạo cán bộ cho HTX gặp nhiều khó khăn... do đó đội ngũ cán bộ quản lý và lao động chuyên môn dịch vụ HTX còn chưa ổn định, số lượng cán bộ qua đào tạo tại các trường lớp tập trung còn ít, năng lực và trình độ của cán bộ còn hạn chế nên hiệu quả quản lý và điều hành còn thấp.
- Ba là, phương thức hoạt động của HTX chưa thực sự bám sát vào thực tiễn cuộc sống và nhu cầu của hộ nông dân, chưa xác định được khả năng của
bản thân HTX. Một số HTX chưa năng động, nhạy bén trong phát triển kinh doanh, chưa mạnh dạn thực hiện liên doanh, liên kết mở thêm ngành nghề mới, chất lượng hoạt động của các HTX có chiều hướng suy giảm, chưa có sự chuyển biến rõ nét về nội dung và hiệu quả hoạt động. Nhiều HTX chưa quan tâm xây dựng thương hiệu, thiếu linh hoạt trong việc cung ứng, đa dạng hóa các hình thức hàng hóa, dịch vụ. Các HTX hoạt động mang tính đơn lẻ, phạm vi ảnh hưởng nhỏ hẹp trên quy mô xã, chưa tạo ra sự ảnh hưởng bao trùm trên phạm vi rộng lớn.
- Bốn là, vốn và cơ sở vật chất kỹ thuật hiện nay trong các HTX NN của huyện còn manh mún, tài sản cố định chủ yếu là các nhà kho, hệ thống máy móc… đã cũ, lạc hậu, xuống cấp nghiêm trọng. Các HTX hiện nay còn thiếu vốn, các khoản nợ phải thu chậm. Điều này gây khó khăn cho hoạt động của HTX, số hộ nông dân tham gia vào HTX còn ít. Việc phân phối lãi cho thành viên vẫn theo mức vốn góp gây bất bình đẳng cho các xã viên.